Přidat komentář

Kurz práce s molekulárními daty v R 2015

Tagy: 

Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C16.

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Kurz bude probíhat od 14. do 16. ledna 2015 od 9:00 do cca 17:00 na Katedře botaniky PřF UK v Praze v Krajinově posluchárně (B14, 2. mezipatro na konci chodby; středa a čtvrtek) a v posluchárně OŽP (B12, 1. mezipatro na konci chodby napravo; pátek).

K dispozici je prezentace a data z proběhlého kurzu.

Přehled témat

  • Základy práce v R -- jak se zadávají příkazy, instalují balíčky, čte se nápověda, typy proměnných, indexy apod.
  • Práce s Bioconductorem
  • Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů.
  • Mikrosatelity, AFLP, SNP, sekvence
  • Stažení sekvencí z databáze
  • Extrakce SNP ze sekvenačních dat
  • Extrakce polymorfismu ze sekvencí
  • Tvorba distančních matic, import vlastních matic
  • Manipulace s daty, konverze mezi formáty
  • Základní statistika, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika
  • Export obrázků
  • Fylogenetické stromy (NJ, UPGMA, parsimonie), jejich zobrazení a testování
  • PCoA
  • MSN
  • DAPC
  • Práce s celogenomovými SNP daty
  • Prostorové analýzy -- Mantel test, Moran's I, Monmonier, sPCA
  • Základy tvorby map
  • Ovládání Structure
  • Alignment
  • Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů
  • Phylogenetic independent contrast
  • Phylogenetic autocorrelation
  • Phylogenetic PCA
  • Ancestral state reconstruction

Použité balíčky: Geneland, PBSmapping, ParallelStructure, RandomFields, RgoogleMaps, TeachingDemos, XML, ade4, adegenet, adephylo, akima, ape, colorspace, combinat, corrplot, fields, gplots, grid, ips, lattice, mapdata, mapproj, maps, maptools, muscle, pegas, permute, phangorn, phyloch, phytools, poppr, rworldmap, seqinr, sp, spam, tcltk, vegan.

Kurz bude probíhat anglicky.

Na kurz potřebujete

  • Funkční připojení k Wi-Fi. Buď Eduroam nebo můžete v přihlášce požádat o dočasné jméno a heslo.
  • Nainstalované R. Doporučuji nainstalovat i grafické rozhraní RStudio, RKWard, R commander nebo jiné podobné dle vlastního výběru.

V případě jakýchkoliv dotazů, žádostí nebo připomínek se ptejte! Níže v komentáři, mailem, apod.

PřílohaVelikost
PDF icon Molecular data in R5.92 MB
Přihlásit se k odběru Vojtěch Zeisek - All comments