Přidat komentář

Kurz práce s molekulárními daty v R 2017

Tagy: 

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Kurz proběhne v Posluchárně B12, Benátská 2, 1. mezipatro, 18.-20. 1. 2017 od 9:00 do 17:00 (s pauzou na oběd:-). Kurz je rozvrhnutý a lze si jej zapsat v SISu

Zájemce o účast prosím o vyplnění krátkého dotazníku.

Přehled témat a orientační program (může být upraven podle požadavků účastníků):

  • 1. den, dopoledne
    • Základy práce v R - jak se zadávají příkazy, instalují balíčky, čte se nápověda, typy proměnných, indexy apod.
    • Práce s Bioconductorem
    • Tento blok není povinný pro účastníky, kteří již mají znalost R. Je však doporučený - opakování je matka moudrosti. :-)
  • 1. den, odpoledne
    • Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů.
    • Stažení sekvencí z databáze
    • Extrakce SNP ze sekvenačních dat
    • Extrakce polymorfismu ze sekvencí
    • Mikrosatelity, AFLP, SNP, sekvence
    • Manipulace s daty, konverze mezi formáty
    • Tvorba distančních matic, import vlastních matic
    • PCoA
    • Fylogenetické stromy (NJ, UPGMA, parsimonie), jejich zobrazení a testování
    • MSN
    • Základní statistika, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika
    • Export obrázků
  • 2. den
    • DAPC
    • Práce s celogenomovými SNP daty
    • Prostorové analýzy - Mantel test, Moran’s I, Monmonier, sPCA
    • Základy tvorby map
    • Ovládání Structure
    • Alignment
    • Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů
  • 3. den
    • Phylogenetic independent contrast
    • Phylogenetic autocorrelation
    • Phylogenetic PCA
    • Ancestral state reconstruction
    • A další...

Použité balíčky: PBSmapping, ParallelStructure, RandomFields, RgoogleMaps, TeachingDemos, XML, ade4, adegenet, adephylo, akima, ape, colorspace, combinat, corrplot, fields,
gplots, grid, ips, lattice, mapdata, mapproj, maps, maptools, muscle, pegas, ermute, phangorn, phyloch, phytools, poppr, rworldmap, seqinr, sp, spam, tcltk, vegan.

Na kurz potřebujete

  • Nebát se R. :-)
  • Funkční připojení k Wi-Fi. Buď Eduroam nebo můžete v přihlášce požádat o dočasné jméno a heslo.
  • Nainstalované R. Doporučuji nainstalovat i grafické rozhraní RStudio, RKWard, R commander nebo jiné podobné dle vlastního výběru.

Změny oproti minulému roku (na základě zpětné vazby od účastníků)

  • Aktualizace s ohledem na nové verze balíčků
  • Více teorie týkající se základů statistických metod

V případě jakýchkoliv dotazů, žádostí nebo připomínek se ptejte! Níže v komentáři, mailem, apod.

Přihlásit se k odběru Vojtěch Zeisek - All comments