Linux (a jiný software)

Na Linux jsem přešel na podzim 2006 a již bych neměnil. Překvapilo mě, jak snadno jsem se s tím naučil a kolik možností nastavení naprosto všeho mám k dispozici. Nabídka software je úžasná, na Windows prostě nejsou k dispozici všechny potřebné aplikace v dostatečné kvalitě. Navíc si mohu vše nastavit podle sebe, vše je logické. A neprudí mě viry. :-)

SUSE dort

Tagy: 

Jak udělat radost fanouškovi, uživateli a překladateli openSUSE? No přece správným dortem!

Prezentace o citačním software

Prezentace o citačním software v rámci bakalářského projektu bakalářského studia biologie. Prezentace částečně vychází ze starší prezentace na stejné téma od Michala Vinklera.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2016

Tagy: 

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Kurz práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum 2016

Tagy: 

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Mac OS X, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Základní znalost Linuxu není nutná. Kurz bude probíhat v Linuxu, ale většina věcí funguje stejně na Mac OS X a dalších UNIXech. Znalosti práce v Linuxu/UNIXu se hodí např. při zpracování molekulárních a jiných dat. MetaCentrum je služba CESNETu poskytující přístup k obrovské výpočetní kapacitě. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Phylogenetic marker development for target enrichment from transcriptome and genome skim data: the pipeline and its application in southern African Oxalis (Oxalidaceae)

Phylogenetics benefits from using a large number of putatively independent nuclear loci and their combination with other sources of information, such as the plastid and mitochondrial genomes. To facilitate the selection of orthologous low-copy nuclear (LCN) loci for phylogenetics in non-model organisms, we created an automated and interactive script to select hundreds of LCN loci by a comparison between transcriptome and genome skim data. We used our script to obtain LCN genes for southern African Oxalis (Oxalidaceae), a speciose plant lineage in the Greater Cape Floristic Region.

Kurz práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum 2015

Tagy: 

Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C17.

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Mac OS X, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Základní znalost Linuxu není nutná. Kurz bude probíhat v Linuxu, ale většina věcí funguje stejně i na Mac OS X a dalších UNIXech. Kurz bude probíhat 26. a 27. ledna 2015 od 9:00 do cca 17:00 na Katedře botaniky PřF UK v Praze v praktiku OŽP (B13, 1. mezipatro, na konci chodby nalevo).

K dispozici je prezentace a data z proběhlého kurzu.

Structure, R and Linux

Tagy: 

Structure is very popular software for revealing population structure. Here I describe easy workflow how to run independent runs of Structure in parallel to speed up whole process using statistical software R and how to facilitate use of CLUMPP and distruct with easy BASH scripts. Of course, we work on Linux (although another UNIX systems like Mac OS X will be very similar).

Arlequin and R under Linux

Tagy: 

Arlequin is very popular tool for population genetics and in recent version (3.5) it has version running on Linux (arlecore, only computational core without GUI) as well as possibility to parse output using R statistical language. Those two features are described only briefly in official manual. I faced some issues when running Arlequin on Linux and parsing output using R.

Stránky

Přihlásit se k odběru RSS - Linux (a jiný software) Přihlásit se k odběru Vojtěch Zeisek - All comments