Vojtěch Zeisek - Per aspera, Asparagus et Aspergillus ad A/astra. https://trapa.cz/cs cs Kupme Ukrajině zbraně ať si brzy vybojuje spravedlivý mír! https://trapa.cz/cs/zbrane-pro-ukrajinu <span class="field field--name-title field--type-string field--label-hidden">Kupme Ukrajině zbraně ať si brzy vybojuje spravedlivý mír!</span> <div class="clearfix text-formatted field field--name-body field--type-text-with-summary field--label-hidden field__item"><p><img alt="Zbraně pro Ukrajinu" data-entity-type="file" data-entity-uuid="60588e95-129b-4e07-aa01-52b126c63290" src="/sites/default/files/inline-images/pf_ukrajina.jpeg" class="align-center" width="2000" height="1500" loading="lazy" /></p></div> <span class="field field--name-uid field--type-entity-reference field--label-hidden"><span lang="" about="/cs/user/1" typeof="schema:Person" property="schema:name" datatype="">vojta</span></span> <span class="field field--name-created field--type-created field--label-hidden">So, 01/21/2023 - 15:12</span> <div class="field field--name-taxonomy-vocabulary-2 field--type-entity-reference field--label-inline clearfix"> <div class="field__label">Články</div> <div class="field__items"> <div class="field__item"><a href="/cs/ostatni" hreflang="cs">Ostatní</a></div> </div> </div> Sat, 21 Jan 2023 14:12:12 +0000 vojta 136 at https://trapa.cz Petr Pavel na Hrad! https://trapa.cz/cs/pavel-na-hrad <span class="field field--name-title field--type-string field--label-hidden">Petr Pavel na Hrad!</span> <div class="clearfix text-formatted field field--name-body field--type-text-with-summary field--label-hidden field__item"><p><img alt="Petr Pavel na Hrad!" data-entity-type="file" data-entity-uuid="134123bf-4ffb-47d3-a48c-7f1a54699308" src="/sites/default/files/inline-images/pavel_banner_2.jpg" class="align-center" width="1600" height="709" loading="lazy" /></p></div> <span class="field field--name-uid field--type-entity-reference field--label-hidden"><span lang="" about="/cs/user/1" typeof="schema:Person" property="schema:name" datatype="">vojta</span></span> <span class="field field--name-created field--type-created field--label-hidden">So, 01/21/2023 - 14:23</span> <div class="field field--name-taxonomy-vocabulary-2 field--type-entity-reference field--label-inline clearfix"> <div class="field__label">Články</div> <div class="field__items"> <div class="field__item"><a href="/cs/nazory" hreflang="cs">Názory</a></div> </div> </div> Sat, 21 Jan 2023 13:23:31 +0000 vojta 135 at https://trapa.cz PF 2023 https://trapa.cz/pf2023 <span class="field field--name-title field--type-string field--label-hidden">PF 2023</span> <div class="clearfix text-formatted field field--name-body field--type-text-with-summary field--label-hidden field__item"><p>Pour féliciter 2023!</p> <p><img alt="PF 2023" data-entity-type="file" data-entity-uuid="b5d93392-6798-424c-bb97-62c93319dfb0" src="/sites/default/files/inline-images/pf_2023_vjtz.jpg" width="1600" height="1068" loading="lazy" /></p> </div> <span class="field field--name-uid field--type-entity-reference field--label-hidden"><span lang="" about="/cs/user/1" typeof="schema:Person" property="schema:name" datatype="">vojta</span></span> <span class="field field--name-created field--type-created field--label-hidden">So, 12/31/2022 - 18:54</span> <div class="field field--name-taxonomy-vocabulary-2 field--type-entity-reference field--label-inline clearfix"> <div class="field__label">Články</div> <div class="field__items"> <div class="field__item"><a href="/cs/ostatni" hreflang="cs">Ostatní</a></div> </div> </div> Sat, 31 Dec 2022 17:54:23 +0000 vojta 134 at https://trapa.cz Kurz práce s molekulárními daty v R 2023 https://trapa.cz/cs/kurz-molekularni-data-r-2023 <span class="field field--name-title field--type-string field--label-hidden"> Kurz práce s molekulárními daty v R 2023</span> <div class="clearfix text-formatted field field--name-body field--type-text-with-summary field--label-hidden field__item"><p><a href="https://www.r-project.org/">R</a> je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.</p> <p>Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.</p></div> <span class="field field--name-uid field--type-entity-reference field--label-hidden"><span lang="" about="/cs/user/1" typeof="schema:Person" property="schema:name" datatype="">vojta</span></span> <span class="field field--name-created field--type-created field--label-hidden">St, 10/12/2022 - 10:16</span> <div class="field field--name-taxonomy-vocabulary-2 field--type-entity-reference field--label-inline clearfix"> <div class="field__label">Články</div> <div class="field__items"> <div class="field__item"><a href="/cs/fylogenetika" hreflang="cs">Fylogenetika</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/fylogeografie" hreflang="cs">Fylogeografie</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/linux" hreflang="cs">Linux (a jiný software)</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/popgen" hreflang="cs">Populační genetika</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/prf-uk" hreflang="cs">Přírodovědecká fakulta UK</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/r" hreflang="cs">R</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/taxonomie" hreflang="cs">Taxonomie</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/vyuka" hreflang="cs">Výuka</a></div> </div> </div> Wed, 12 Oct 2022 08:16:00 +0000 vojta 133 at https://trapa.cz Kurz práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum 2023 https://trapa.cz/cs/kurz-prikazove-radky-linuxu-2023 <span class="field field--name-title field--type-string field--label-hidden">Kurz práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum 2023</span> <div class="clearfix text-formatted field field--name-body field--type-text-with-summary field--label-hidden field__item"><p>Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj umožňující efektivně zpracovat i velká data a zautomatizovat činnosti. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Apple macOS, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Kurz je vhodný pro úplné začátečníky i mírně pokročilé. Jediným vstupním požadavkem je zájem (nebo potřeba) pracovat v příkazové řádce, typicky na linuxovém výpočetním serveru.</p></div> <span class="field field--name-uid field--type-entity-reference field--label-hidden"><span lang="" about="/cs/user/1" typeof="schema:Person" property="schema:name" datatype="">vojta</span></span> <span class="field field--name-created field--type-created field--label-hidden">St, 10/12/2022 - 10:07</span> <div class="field field--name-taxonomy-vocabulary-2 field--type-entity-reference field--label-inline clearfix"> <div class="field__label">Články</div> <div class="field__items"> <div class="field__item"><a href="/cs/linux" hreflang="cs">Linux (a jiný software)</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/opensuse" hreflang="cs">openSUSE</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/prf-uk" hreflang="cs">Přírodovědecká fakulta UK</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/vyuka" hreflang="cs">Výuka</a></div> </div> </div> Wed, 12 Oct 2022 08:07:51 +0000 vojta 132 at https://trapa.cz The relationship between transposable elements and ecological niches in the Greater Cape Floristic Region: A study on the genus Pteronia (Asteraceae) https://trapa.cz/relationship-between-transposable-elements-and-eco-niches%20in-gcfr-pteronia <span class="field field--name-title field--type-string field--label-hidden">The relationship between transposable elements and ecological niches in the Greater Cape Floristic Region: A study on the genus Pteronia (Asteraceae)</span> <div class="clearfix text-formatted field field--name-body field--type-text-with-summary field--label-hidden field__item"><p>Non-coding repetitive DNA (repeatome) is an active part of the nuclear genome, involved in its structure, evolution and function. It is dominated by transposable elements (TEs) and satellite DNA and is prone to the most rapid changes over time. The TEs activity presumably causes the global genome reorganization and may play an adaptive or regulatory role in response to environmental challenges.</p></div> <span class="field field--name-uid field--type-entity-reference field--label-hidden"><span lang="" about="/cs/user/1" typeof="schema:Person" property="schema:name" datatype="">vojta</span></span> <span class="field field--name-created field--type-created field--label-hidden">St, 10/12/2022 - 09:19</span> <div class="field field--name-taxonomy-vocabulary-2 field--type-entity-reference field--label-inline clearfix"> <div class="field__label">Články</div> <div class="field__items"> <div class="field__item"><a href="/cs/bioinformatika" hreflang="cs">Bioinformatika</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/bu-av" hreflang="cs">Botanický ústav AV</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/fylogenetika" hreflang="cs">Fylogenetika</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/hybseq" hreflang="cs">HybSeq</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/veda" hreflang="cs">Věda, výzkum, biologie</a></div> </div> </div> Wed, 12 Oct 2022 07:19:20 +0000 vojta 131 at https://trapa.cz The importance of considering the evolutionary history of polyploids when assessing climatic niche evolution https://trapa.cz/importance-considering-evo-hist-polyploids-climatic-niche-evo <span class="field field--name-title field--type-string field--label-hidden">The importance of considering the evolutionary history of polyploids when assessing climatic niche evolution</span> <div class="clearfix text-formatted field field--name-body field--type-text-with-summary field--label-hidden field__item"><p>Although whole-genome duplication (WGD) is an important speciation force, we still lack a consensus on the role of niche differentiation in polyploid evolution. In addition, the role of genome doubling per se vs. later divergence on polyploid niche evolution remains obscure. One reason for this might be that the intraspecific genetic structure of polyploid complexes and interploidy gene flow is often neglected in ecological studies. Here, we aim to investigate to which extent these evolutionary processes impact our inference on niche differentiation of autopolyploids.</p></div> <span class="field field--name-uid field--type-entity-reference field--label-hidden"><span lang="" about="/cs/user/1" typeof="schema:Person" property="schema:name" datatype="">vojta</span></span> <span class="field field--name-created field--type-created field--label-hidden">St, 10/12/2022 - 09:09</span> <div class="field field--name-taxonomy-vocabulary-2 field--type-entity-reference field--label-inline clearfix"> <div class="field__label">Články</div> <div class="field__items"> <div class="field__item"><a href="/cs/arabidopsis-brassicaceae" hreflang="cs">Arabidopsis a Brassicaceae</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/bioinformatika" hreflang="cs">Bioinformatika</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/bu-av" hreflang="cs">Botanický ústav AV</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/fylogeografie" hreflang="cs">Fylogeografie</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/popgen" hreflang="cs">Populační genetika</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/prf-uk" hreflang="cs">Přírodovědecká fakulta UK</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/veda" hreflang="cs">Věda, výzkum, biologie</a></div> </div> </div> Wed, 12 Oct 2022 07:09:04 +0000 vojta 130 at https://trapa.cz Target enrichment v rostlinné systematice aneb HybSeq kurz 2022 https://trapa.cz/cs/node/129 <span class="field field--name-title field--type-string field--label-hidden">Target enrichment v rostlinné systematice aneb HybSeq kurz 2022</span> <div class="clearfix text-formatted field field--name-body field--type-text-with-summary field--label-hidden field__item"><p>Praktický kurz fylogenomických metod se zaměřením na NGS metodu Hyb-Seq. Metoda Hyb-Seq kombinuje cílené obohacení a tzv. mělké sekvenování genomu. V rámci kurzu budou probrány základy i nejnovějších poznatky v oblasti Hyb-Seq (návrh sond, laboratorní postup, analýza dat). Součástí kurzu je i práce s daty a jejich praktické analýzy různými přístupy, od primárních dat po konstrukci evolučních stromů koalescenčními a dalšími metodami. V laboratorní části kurzu budou připravovány a obohacovány NGS knihovny s využitím sonikátoru.</p></div> <span class="field field--name-uid field--type-entity-reference field--label-hidden"><span lang="" about="/cs/user/1" typeof="schema:Person" property="schema:name" datatype="">vojta</span></span> <span class="field field--name-created field--type-created field--label-hidden">Pá, 06/03/2022 - 11:42</span> <div class="field field--name-taxonomy-vocabulary-2 field--type-entity-reference field--label-inline clearfix"> <div class="field__label">Články</div> <div class="field__items"> <div class="field__item"><a href="/cs/bioinformatika" hreflang="cs">Bioinformatika</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/fylogenetika" hreflang="cs">Fylogenetika</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/hybseq" hreflang="cs">HybSeq</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/linux" hreflang="cs">Linux (a jiný software)</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/prf-uk" hreflang="cs">Přírodovědecká fakulta UK</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/veda" hreflang="cs">Věda, výzkum, biologie</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/vyuka" hreflang="cs">Výuka</a></div> </div> </div> Fri, 03 Jun 2022 09:42:46 +0000 vojta 129 at https://trapa.cz Virtual machine for my courses https://trapa.cz/vm-for-courses <span class="field field--name-title field--type-string field--label-hidden">Virtual machine for my courses</span> <div class="clearfix text-formatted field field--name-body field--type-text-with-summary field--label-hidden field__item"><p>For my <a href="/en/teaching">courses</a> ofwork in Linux command line not only for MetaCentrum and with molecular data in R I provide VirtualBox image, which allows to run complete desktop Linux (in this case openSUSE Leap) with all preinstalled applications needed for both courses. It's easy way how to get fully working Linux to play with. It requires at least bit powerful notebook, e.g. at least quad-core with at least 8 GB RAM, but more is better.</p></div> <span class="field field--name-uid field--type-entity-reference field--label-hidden"><span lang="" about="/cs/user/1" typeof="schema:Person" property="schema:name" datatype="">vojta</span></span> <span class="field field--name-created field--type-created field--label-hidden">Út, 01/11/2022 - 16:37</span> <div class="field field--name-taxonomy-vocabulary-2 field--type-entity-reference field--label-inline clearfix"> <div class="field__label">Články</div> <div class="field__items"> <div class="field__item"><a href="/cs/bioinformatika" hreflang="cs">Bioinformatika</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/linux" hreflang="cs">Linux (a jiný software)</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/opensuse" hreflang="cs">openSUSE</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/prf-uk" hreflang="cs">Přírodovědecká fakulta UK</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/vyuka" hreflang="cs">Výuka</a></div> </div> </div> Tue, 11 Jan 2022 15:37:03 +0000 vojta 128 at https://trapa.cz Kurz práce s molekulárními daty v R 2022 https://trapa.cz/cs/kurz-molekularni-data-r-2022 <span class="field field--name-title field--type-string field--label-hidden"> Kurz práce s molekulárními daty v R 2022</span> <div class="clearfix text-formatted field field--name-body field--type-text-with-summary field--label-hidden field__item"><p><a href="https://www.r-project.org/">R</a> je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.</p> <p>Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.</p></div> <span class="field field--name-uid field--type-entity-reference field--label-hidden"><span lang="" about="/cs/user/1" typeof="schema:Person" property="schema:name" datatype="">vojta</span></span> <span class="field field--name-created field--type-created field--label-hidden">Čt, 11/11/2021 - 12:55</span> <div class="field field--name-taxonomy-vocabulary-2 field--type-entity-reference field--label-inline clearfix"> <div class="field__label">Články</div> <div class="field__items"> <div class="field__item"><a href="/cs/fylogenetika" hreflang="cs">Fylogenetika</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/fylogeografie" hreflang="cs">Fylogeografie</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/linux" hreflang="cs">Linux (a jiný software)</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/popgen" hreflang="cs">Populační genetika</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/prf-uk" hreflang="cs">Přírodovědecká fakulta UK</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/r" hreflang="cs">R</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/taxonomie" hreflang="cs">Taxonomie</a></div> <div class="field__item"><a href="/cs/vyuka" hreflang="cs">Výuka</a></div> </div> </div> Thu, 11 Nov 2021 11:55:10 +0000 vojta 126 at https://trapa.cz