Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj umožňující efektivně zpracovat i velká data a zautomatizovat činnosti. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Apple macOS, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Kurz je vhodný pro úplné začátečníky i mírně pokročilé. Jediným vstupním požadavkem je zájem (nebo potřeba) pracovat v příkazové řádce, typicky na linuxovém výpočetním serveru.
Znalosti práce v Linuxu/UNIXu se hodí např. při zpracování rozsáhlých molekulárních a jiných dat na výpočetních clusterech jako je MetaCentrum. To je služba CESNETu poskytující přístup k obrovské výpočetní kapacitě, kterou mohou všichni studenti a zaměstnanci akademických institucí v Česku využít pro své výpočty. Znalosti z kurzu tam ihned můžete zúročit. Kurz poskytuje teoretický úvod i řadu praktických příkladů a cvičení.
Kurz poběží turnusově 4 dny.
Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.
Podrobnosti budou průběžně aktualizované v SISu. Rozvrh je v SISu. Kurz proběhne v posluchárně OŽP B12 (1. mezipatro, Benátská 2, Praha 2) od 19. do 22. ledna 2027 od 9:00 do ca. 15:30 (s dostatkem přestávek). Zájemce o kurz prosím o vyplnění krátkého dotazníku, který mi pomůže s přípravou kurzu a komunikací s účastníky.
Kurz bude sestávat z kratších přednášek následovaných individuální prací studentů a prostorem pro otázky, konzultace apod. Podrobnosti budou průběžně aktualizovány podle vývoje situace před kurzem.
Sylabus
Předběžný přehled témat a rozvrh (může být upraven podle požadavků účastníků):
Den 1
- Úvod: používaný stroj, co je „UNIX", licence
- Linux obecně, distribuce a jejich rozdíly
- Disky a souborové systémy
- Typy uživatelů, adresářová struktura
- Soubory a adresáře, oprávnění
- Text v UN*X (kódování, konce řádků)
- BASH a další shelly, screen
- SSH (secure shell), SSH klíče
Den 2
- Práce s adresáři, archivy, vyhledávání
- Globbing, divoké karty, uvozovky
- Proměnné, přesměrování vstupu/výstupu, řetězení příkazů
- Informace o hardwaru, procesy
- Síť, paralelizace, časování
- Čtení a extrakce textu, AWK, manipulace s textem
Den 3
- Komprimovaný text, porovnávání souborů
- Editory
- Regulární výrazy
- Skriptování v BASH: kostra skriptu, proměnné, funkce, čtení vstupu
- Větvení kódu, cykly
- Balíčkovací systémy, kompilace, Java
- Windows aplikace (Wine), vědecké aplikace, hry
- Datové servery a přenos dat (SFTP, …)
Den 4
- MetaCentrum: informace, použití, úlohy, grafické připojení, další služby
- Kontejnery: Singularity/Apptainer
- Lokální jazykové modely: Ollama
- Git: principy, základy, úlohy
- Administrace
- Závěr, další zdroje
Zápočty budou probíhat poslední den, případně po individuální domluvě. Bude tam prostor i pro konzultace specifických problémů a otázek jednotlivých účastníků.
Na kurz potřebujete jakýkoliv počítač s Linuxem --- ať už samotný Linux, dualboot, virtualizaci (pro výuku je připraven obraz pro VirtualBox), popřípadě Cygwin nebo linuxový subsystém ve Windows 11, je to jedno. Nebo jiný UNIX (osX apod.). K dispozici bude výukový server, ke kterému se účastníci budou připojovat. Může tedy stačit používat Putty a připojení k tomuto serveru, nicméně to nebude umožňovat vyzkoušet si úplně všechno.
