R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.
Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.
Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Nutná je alespoň minimální znalost molekulární biologie a vhodná je předchozí znalost alespoň některých metod analýz DNA dat. Kurz je vhodný spíše pro magisterské a doktorské studenty, pro bakalářské jen jsou-li velmi pokročilí.
Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.
Kurz poběží turnusově 5 dnů.
Podrobnosti budou průběžně aktualizované v SISu. Rozvrh je v SISu. Kurz proběhne v posluchárně OŽP B12 (1. mezipatro, Benátská 2, Praha 2) od 1. do 5. února 2026 od 9:00 do ca. 15:30 (s dostatkem přestávek). Zájemce o kurz prosím o vyplnění krátkého dotazníku, který mi pomůže s přípravou kurzu a komunikací s účastníky.
Kurz bude sestávat z kratších přednášek následovaných individuální prací studentů a prostorem pro otázky, konzultace apod. Podrobnosti budou průběžně aktualizovány podle vývoje situace před kurzem.
Sylabus
Předběžný přehled témat a rozvrh (může být upraven podle požadavků účastníků, rychlosti apod.):
Den 1
- Základy práce v R, instalace balíčků.
- Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů (mikrosatelity, VCF, sekvenační data, ...).
- Stažení sekvencí z databáze.
- Extrakce SNP ze sekvenačních dat.
- Alignment.
- Manipulace s daty, konverze mezi formáty.
- Tvorba distančních matic, import vlastních matic
Den 2
- Populační genetika a genomika: základní statistiky, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika, PCoA, NJ, MSN.
Den 3
- DAPC.
- Prostorové analýzy – Mantel test, Moran’s I, Monmonier, sPCA, …
- Základy tvorby map.
Den 4
- Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů.
- Phylogenetic independent contrast.
- Phylogenetic autocorrelation.
- Phylogenetic PCA.
- Ancestral state reconstruction.
Den 5
- Grafika.
- Github.
- Skripty, cykly a podmínky.
- R na MetaCentru.
Prostor pro další speciální otázky účastníků, zápočty a konzultace vlastních dat účastníků bude zejména během posledního dne.
Na kurz potřebujete vlastní notebook, na kterém budete pracovat a nainstalované R. Doporučuji nainstalovat i grafické rozhraní RStudio, RKWard, R commander nebo jiné podobné dle vlastního výběru. Pokud už máte zkušenosti s R, můžete si ušetřit práci tím, že si dopředu nainstalujete potřebné balíčky. Instrukce k tomu pošlu před kurzem. Pokud nechcete všechno instalovat, můžete použít předpřipravený linuxový obraz pro VirtualBox, kde je vše připraveno.
