Fylogenetika

Target enrichment v systematice aneb HybSeq kurz 2023

Napsal uživatel vojta dne Po, 05/29/2023 - 15:36

Praktický kurz fylogenomických metod se zaměřením na NGS metodu Hyb-Seq. Metoda Hyb-Seq kombinuje cílené obohacení a tzv. mělké sekvenování genomu. V rámci kurzu budou probrány základy i nejnovějších poznatky v oblasti Hyb-Seq (návrh sond, laboratorní postup, analýza dat). Součástí kurzu je i práce s daty a jejich praktické analýzy různými přístupy, od primárních dat po konstrukci evolučních stromů koalescenčními a dalšími metodami. V laboratorní části kurzu budou připravovány a obohacovány NGS knihovny s využitím sonikátoru.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2023

Napsal uživatel vojta dne St, 10/12/2022 - 10:16

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

The relationship between transposable elements and ecological niches in the Greater Cape Floristic Region: A study on the genus Pteronia (Asteraceae)

Napsal uživatel vojta dne St, 10/12/2022 - 09:19

Non-coding repetitive DNA (repeatome) is an active part of the nuclear genome, involved in its structure, evolution and function. It is dominated by transposable elements (TEs) and satellite DNA and is prone to the most rapid changes over time. The TEs activity presumably causes the global genome reorganization and may play an adaptive or regulatory role in response to environmental challenges.

Target enrichment v rostlinné systematice aneb HybSeq kurz 2022

Napsal uživatel vojta dne Pá, 06/03/2022 - 11:42

Praktický kurz fylogenomických metod se zaměřením na NGS metodu Hyb-Seq. Metoda Hyb-Seq kombinuje cílené obohacení a tzv. mělké sekvenování genomu. V rámci kurzu budou probrány základy i nejnovějších poznatky v oblasti Hyb-Seq (návrh sond, laboratorní postup, analýza dat). Součástí kurzu je i práce s daty a jejich praktické analýzy různými přístupy, od primárních dat po konstrukci evolučních stromů koalescenčními a dalšími metodami. V laboratorní části kurzu budou připravovány a obohacovány NGS knihovny s využitím sonikátoru.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2022

Napsal uživatel vojta dne Čt, 11/11/2021 - 12:55

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

Relative performance of customized and universal probe sets in target enrichment: A case study in subtribe Malinae

Napsal uživatel vojta dne Po, 07/26/2021 - 12:46

Custom probe design for target enrichment in phylogenetics is tedious and often hinders broader phylogenetic synthesis. The universal angiosperm probe set Angiosperms353 may be the solution. Here, we test the relative performance of Angiosperms353 on the Rosaceae subtribe Malinae in comparison with custom probes that we specifically designed for this clade. We then address the impact of bioinformatically altering the performance of Angiosperms353 by replacing the original probe sequences with orthologs extracted from the Malus domestica genome.

Parallel Alpine Differentiation in Arabidopsis arenosa

Napsal uživatel vojta dne Út, 12/29/2020 - 11:12

Parallel evolution provides powerful natural experiments for studying repeatability of evolution and genomic basis of adaptation. Well-documented examples from plants are, however, still rare, as are inquiries of mechanisms driving convergence in some traits while divergence in others. Arabidopsis arenosa, a predominantly foothill species with scattered morphologically distinct alpine occurrences is a promising candidate. Yet, the hypothesis of parallelism remained untested.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2021

Napsal uživatel vojta dne Út, 10/06/2020 - 17:08

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další.

Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Nutná je alespoň minimální znalost molekulární biologie a vhodná je předchozí znalost alespoň některých metod analýz DNA dat.

Course of work with molecular data in R 2020 in České Budějovice

Napsal uživatel vojta dne Pá, 03/06/2020 - 22:39

R is nowadays probably the most powerful tool for calculations of all kinds. There are plenty of modules available for work with molecular data. Those will be introduced during the course. The course will be taught from October 19th to Friday 23rd (see below). The course will be exclusively on-line, there will be no personal meeting.