Target enrichment v rostlinné systematice aneb HybSeq kurz 2022

Napsal uživatel vojta dne Pá, 06/03/2022 - 11:42

Praktický kurz fylogenomických metod se zaměřením na NGS metodu Hyb-Seq. Metoda Hyb-Seq kombinuje cílené obohacení a tzv. mělké sekvenování genomu. V rámci kurzu budou probrány základy i nejnovějších poznatky v oblasti Hyb-Seq (návrh sond, laboratorní postup, analýza dat). Součástí kurzu je i práce s daty a jejich praktické analýzy různými přístupy, od primárních dat po konstrukci evolučních stromů koalescenčními a dalšími metodami. V laboratorní části kurzu budou připravovány a obohacovány NGS knihovny s využitím sonikátoru.

Virtual machine for my courses

Napsal uživatel vojta dne Út, 01/11/2022 - 16:37

For my courses ofwork in Linux command line not only for MetaCentrum and with molecular data in R I provide VirtualBox image, which allows to run complete desktop Linux (in this case openSUSE Leap) with all preinstalled applications needed for both courses. It's easy way how to get fully working Linux to play with. It requires at least bit powerful notebook, e.g. at least quad-core with at least 8 GB RAM, but more is better.

Getting VirtualBox image

Kurz práce s molekulárními daty v R 2022

Napsal uživatel vojta dne Čt, 11/11/2021 - 12:55

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

Kurz práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum 2022

Napsal uživatel vojta dne Čt, 11/11/2021 - 11:51

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj umožňující efektivně zpracovat i velká data a zautomatizovat činnosti. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Apple macOS, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Kurz je vhodný pro úplné začátečníky i mírně pokročilé. Jediným vstupním požadavkem je zájem (nebo potřeba) pracovat v příkazové řádce, typicky na linuxovém výpočetním serveru.

Taraxacum assemanii represents a new section: A revision of the misinterpreted Taraxacum primigenium, and the elucidation of the enigmatic Taraxacum section Primigenia (Compositae, Crepidinae)

Napsal uživatel vojta dne St, 09/29/2021 - 15:44

On the basis of new gatherings at the type locality, Taraxacum primigenium was evaluated taxonomically. Its achenes differ substantially from the protologue description that is based on achenes of T. assemanii. Taraxacum primigenium, also on the basis of an nrDNA analysis, is close to T. sect. Piesis, and represents a narrow endemic confined to the Lalezar Mts., SE Iran. Taraxacum assemanii, newly typified, is known from mountains of SE Anatolia and Lebanon, and from the Zagros in SW Iran.

Relative performance of customized and universal probe sets in target enrichment: A case study in subtribe Malinae

Napsal uživatel vojta dne Po, 07/26/2021 - 12:46

Custom probe design for target enrichment in phylogenetics is tedious and often hinders broader phylogenetic synthesis. The universal angiosperm probe set Angiosperms353 may be the solution. Here, we test the relative performance of Angiosperms353 on the Rosaceae subtribe Malinae in comparison with custom probes that we specifically designed for this clade. We then address the impact of bioinformatically altering the performance of Angiosperms353 by replacing the original probe sequences with orthologs extracted from the Malus domestica genome.

Taraxacum mirabile, an enigmatic sexual halophilous endemic dandelion, represents a new section

Napsal uživatel vojta dne Po, 03/15/2021 - 15:26

Taraxacum mirabile Wagenitz (Asteraceae, Cichorieae, Crepidinae), a remarkable but taxonomically unexplored endemic species of Central Anatolia, is examined in detail. It is shown to be a sexually reproducing diploid (2n=16) species. It used to be included in Taraxacum sect. Orientalia in the literature. However, the nrDNA analysis revealed that T. mirabile is remote from that section.

PF 2021

Napsal uživatel vojta dne Pá, 01/01/2021 - 21:34

Pour féliciter 2021!

PF 2021

Články

Parallel Alpine Differentiation in Arabidopsis arenosa

Napsal uživatel vojta dne Út, 12/29/2020 - 11:12

Parallel evolution provides powerful natural experiments for studying repeatability of evolution and genomic basis of adaptation. Well-documented examples from plants are, however, still rare, as are inquiries of mechanisms driving convergence in some traits while divergence in others. Arabidopsis arenosa, a predominantly foothill species with scattered morphologically distinct alpine occurrences is a promising candidate. Yet, the hypothesis of parallelism remained untested.