Přírodovědecká fakulta UK

Hybridization is a widespread phenomenon in the evolution of plants and exploring its role is crucial to understanding diversification processes of many taxonomic groups. Recently, more attention is focused on the role of ancient hybridization that has repeatedly been shown as triggers of evolutionary radiation, although in some cases, it can prevent further diversification. The causes, frequency, and consequences of ancient hybridization remain to be explored.

Elucidating the evolution of recently diverged and polyploid-rich plant lineages may be challenging even with high-throughput sequencing, both for biological reasons and bioinformatic difficulties. Here, we apply target enrichment with genome skimming (Hyb-Seq) to unravel the evolutionary history of the Alyssum montanum-A. repens species complex. Reconstruction of phylogenetic relationships in diploids supported recent and rapid diversification accompanied by reticulation events.

Praktický kurz fylogenomických metod se zaměřením na NGS metodu Hyb-Seq. Metoda Hyb-Seq kombinuje cílené obohacení a tzv. mělké sekvenování genomu. V rámci kurzu budou probrány základy i nejnovějších poznatky v oblasti Hyb-Seq (návrh sond, laboratorní postup, analýza dat). Součástí kurzu je i práce s daty a jejich praktické analýzy různými přístupy, od primárních dat po konstrukci evolučních stromů koalescenčními a dalšími metodami. V laboratorní části kurzu budou připravovány a obohacovány NGS knihovny s využitím sonikátoru.

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj umožňující efektivně zpracovat i velká data a zautomatizovat činnosti. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Apple macOS, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Kurz je vhodný pro úplné začátečníky i mírně pokročilé. Jediným vstupním požadavkem je zájem (nebo potřeba) pracovat v příkazové řádce, typicky na linuxovém výpočetním serveru.

Although whole-genome duplication (WGD) is an important speciation force, we still lack a consensus on the role of niche differentiation in polyploid evolution. In addition, the role of genome doubling per se vs. later divergence on polyploid niche evolution remains obscure. One reason for this might be that the intraspecific genetic structure of polyploid complexes and interploidy gene flow is often neglected in ecological studies. Here, we aim to investigate to which extent these evolutionary processes impact our inference on niche differentiation of autopolyploids.

Praktický kurz fylogenomických metod se zaměřením na NGS metodu Hyb-Seq. Metoda Hyb-Seq kombinuje cílené obohacení a tzv. mělké sekvenování genomu. V rámci kurzu budou probrány základy i nejnovějších poznatky v oblasti Hyb-Seq (návrh sond, laboratorní postup, analýza dat). Součástí kurzu je i práce s daty a jejich praktické analýzy různými přístupy, od primárních dat po konstrukci evolučních stromů koalescenčními a dalšími metodami. V laboratorní části kurzu budou připravovány a obohacovány NGS knihovny s využitím sonikátoru.

For my courses ofwork in Linux command line not only for MetaCentrum and with molecular data in R I provide VirtualBox image, which allows to run complete desktop Linux (in this case openSUSE Leap) with all preinstalled applications needed for both courses. It's easy way how to get fully working Linux to play with. It requires at least bit powerful notebook, e.g. at least quad-core with at least 8 GB RAM, but more is better.

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj umožňující efektivně zpracovat i velká data a zautomatizovat činnosti. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Apple macOS, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Kurz je vhodný pro úplné začátečníky i mírně pokročilé. Jediným vstupním požadavkem je zájem (nebo potřeba) pracovat v příkazové řádce, typicky na linuxovém výpočetním serveru.