Věda, výzkum, biologie

Relative performance of customized and universal probe sets in target enrichment: A case study in subtribe Malinae

Custom probe design for target enrichment in phylogenetics is tedious and often hinders broader phylogenetic synthesis. The universal angiosperm probe set Angiosperms353 may be the solution. Here, we test the relative performance of Angiosperms353 on the Rosaceae subtribe Malinae in comparison with custom probes that we specifically designed for this clade. We then address the impact of bioinformatically altering the performance of Angiosperms353 by replacing the original probe sequences with orthologs extracted from the Malus domestica genome.

vojta Po, 07/26/2021 - 12:46

Taraxacum mirabile, an enigmatic sexual halophilous endemic dandelion, represents a new section

Napsal uživatel vojta dne Po, 03/15/2021 - 15:26

Taraxacum mirabile Wagenitz (Asteraceae, Cichorieae, Crepidinae), a remarkable but taxonomically unexplored endemic species of Central Anatolia, is examined in detail. It is shown to be a sexually reproducing diploid (2n=16) species. It used to be included in Taraxacum sect. Orientalia in the literature. However, the nrDNA analysis revealed that T. mirabile is remote from that section.

Parallel Alpine Differentiation in Arabidopsis arenosa

Napsal uživatel vojta dne Út, 12/29/2020 - 11:12

Parallel evolution provides powerful natural experiments for studying repeatability of evolution and genomic basis of adaptation. Well-documented examples from plants are, however, still rare, as are inquiries of mechanisms driving convergence in some traits while divergence in others. Arabidopsis arenosa, a predominantly foothill species with scattered morphologically distinct alpine occurrences is a promising candidate. Yet, the hypothesis of parallelism remained untested.

Low genetic differentiation despite high fragmentation in the endemic serpentinophyte Minuartia smejkalii (M. verna agg., Caryophyllaceae) revealed by RADSeq SNP markers

Napsal uživatel vojta dne Po, 01/13/2020 - 10:46

Minuartia smejkalii is an obligate serpentinophyte plant endemic to the Czech Republic. Since the 1960s, the species’ habitat has undergone strong human-mediated fragmentation, resulting in extinction of some populations and dramatic size reduction of the remaining populations. Thus, contrary to the typically stable serpentine habitats, M. smejkalii habitats underwent a recent and severe decline, which can exacerbate the effects of fragmentation on population genetic structure. We examined the genetic structure of all known M.

HybSeq course 2020

Napsal uživatel vojta dne Čt, 12/19/2019 - 21:25

Intensive 4-days (5th day is not compulsory, but is open for any discussion, if there would be interest) course to learn all theory about HybSeq and practically learn how to analyze HybSeq data, how to solve all problems, and how to evaluate differences among gene trees. Important part is enough time to discuss everything, including practical problems and projects of individual participants.

Analysis of wild Taraxacum bicorne Dahlst. (Compositae–Crepidinae) as a potential alternative natural rubber crop

Napsal uživatel vojta dne St, 05/29/2019 - 14:36

Taraxacum koksaghyz Rodin, a dandelion from the steppes of south-eastern Kazakhstan, has been known for long time as potential rubber producer, as a temperate region alternative to the tropical rubber tree Hevea brasiliensis Müll. Arg.. In this work, we evaluate Taraxacum bicorne Dahlst. (wild populations), a closely related congener of T. koksaghyz.

Taxonomické principy, reprodukční systémy, populační genetika a vztahy mezi vybranými skupinami rodu Taraxacum (Asteraceae)

Napsal uživatel vojta dne St, 11/21/2018 - 16:55

Rod Taraxacum (pampeliška, hvězdnicovité), mající ∼60 sekcí a 2 druhů, je známý pro své komplikované evoluční vztahy a taxonomii díky procesům jako je častá hybridizace, polyploidizace, nepohlavní rozmnožování, klonalita a nízká strukturální morfologická variabilita. Různé taxonomické koncepty a přístupy jsou v práci představeny, diskutovány a zhodnoceny z pohledu jejich schopnosti poradit si s tak komplikovaným rodem jako je Taraxacum. Různé procesy zodpovědné za tuto komplikovanou situaci v rámci pampelišek jsou diskutovány. Sekce Dioszegia, obsahující p. pozdní (T.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2019

Napsal uživatel vojta dne So, 10/06/2018 - 17:18

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Kurz práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum 2019

Napsal uživatel vojta dne So, 10/06/2018 - 17:04

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Apple osX, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Základní znalost Linuxu není nutná. Kurz bude probíhat v Linuxu, ale většina věcí funguje stejně na osX a dalších UNIXech. Znalosti práce v Linuxu/UNIXu se hodí např. při zpracování molekulárních a jiných dat. MetaCentrum je služba CESNETu poskytující přístup k obrovské výpočetní kapacitě. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.