Přejít k hlavnímu obsahu
Domů
Vojtěch Zeisek

Hlavní navigace

  • Domů
  • Articles
  • Fotogalerie
  • CV
  • Kontakt
Nástroje
  • Hledat
  • Archiv
  • Slovník

Drobečková navigace

  1. Domů

Fylogeografie

Od vojta , 9 Září, 2024

Kurz práce s molekulárními daty v R 2025

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

Články
Fylogenetika
Fylogeografie
Linux (a jiný software)
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
R
Taxonomie
Výuka
Od vojta , 5 Srpen, 2024

Deciphering Pteronia's evolution in the Cape Floristic Region: A comprehensive study disputes polyploid deficiency and affirms diploid radiation

The Greater Cape Floristic Region (GCFR) is renowned for its exceptional biodiversity, accommodating over 11 000 plant species, notable degree of endemism, and substantial diversification within limited plant lineages, a phenomenon ascribed to historical radiation events. While both abiotic and biotic factors contribute to this diversification, comprehensive genomic alterations, recognized as pivotal in the diversification of angiosperms, are perceived as uncommon. This investigation focuses on the genus Pteronia, a prominent representative of the Asteraceae family in the GCFR.

Články
Bioinformatika
Botanický ústav AV
Fylogenetika
Fylogeografie
HybSeq
Přírodovědecká fakulta UK
Věda, výzkum, biologie
Od vojta , 17 Říjen, 2023

Evolution of the Sabulina verna group (Caryophyllaceae) in Europe: A deep split, followed by secondary contacts, multiple allopolyploidization and colonization of challenging substrates

The first species-level phylogeny of the Sabulina verna group is presented. Genetic clusters are congruent with geography and mostly supported by morphological traits. Metalliferous and serpentine soils were colonized multiple times independently.

Články
Bioinformatika
Botanický ústav AV
Fylogenetika
Fylogeografie
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
Taxonomie
Věda, výzkum, biologie
Od vojta , 27 Září, 2023

Kurz práce s molekulárními daty v R 2024

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

Články
Fylogenetika
Fylogeografie
Linux (a jiný software)
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
R
Taxonomie
Výuka
Od vojta , 21 Červen, 2023

Phylogenetic challenges in a recently diversified and polyploid-rich Alyssum (Brassicaceae) lineage: low divergence, reticulation, and parallel polyploid speciation

Elucidating the evolution of recently diverged and polyploid-rich plant lineages may be challenging even with high-throughput sequencing, both for biological reasons and bioinformatic difficulties. Here, we apply target enrichment with genome skimming (Hyb-Seq) to unravel the evolutionary history of the Alyssum montanum-A. repens species complex. Reconstruction of phylogenetic relationships in diploids supported recent and rapid diversification accompanied by reticulation events.

Články
Arabidopsis a Brassicaceae
Bioinformatika
Botanický ústav AV
Fylogenetika
Fylogeografie
HybSeq
Přírodovědecká fakulta UK
Taxonomie
Věda, výzkum, biologie
Od vojta , 12 Říjen, 2022

Kurz práce s molekulárními daty v R 2023

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

Články
Fylogenetika
Fylogeografie
Linux (a jiný software)
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
R
Taxonomie
Výuka
Od vojta , 12 Říjen, 2022

The importance of considering the evolutionary history of polyploids when assessing climatic niche evolution

Although whole-genome duplication (WGD) is an important speciation force, we still lack a consensus on the role of niche differentiation in polyploid evolution. In addition, the role of genome doubling per se vs. later divergence on polyploid niche evolution remains obscure. One reason for this might be that the intraspecific genetic structure of polyploid complexes and interploidy gene flow is often neglected in ecological studies. Here, we aim to investigate to which extent these evolutionary processes impact our inference on niche differentiation of autopolyploids.

Články
Arabidopsis a Brassicaceae
Bioinformatika
Botanický ústav AV
Fylogeografie
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
Věda, výzkum, biologie
Od vojta , 11 Listopad, 2021

Kurz práce s molekulárními daty v R 2022

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

Články
Fylogenetika
Fylogeografie
Linux (a jiný software)
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
R
Taxonomie
Výuka
Od vojta , 25 Únor, 2021

STRUCTURE multi PBS Pro scripts

Set of scripts to run STRUCTURE in parallel on computing grids like MetaCentrum. Scripts are designed for grids and clusters using PBS Pro, but can be easily adopted for another queue system.

Články
Bioinformatika
Botanický ústav AV
Fylogenetika
Fylogeografie
Linux (a jiný software)
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
Taxonomie
Věda, výzkum, biologie
Od vojta , 6 Říjen, 2020

Kurz práce s molekulárními daty v R 2021

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další.

Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Nutná je alespoň minimální znalost molekulární biologie a vhodná je předchozí znalost alespoň některých metod analýz DNA dat.

Články
Fylogenetika
Fylogeografie
Linux (a jiný software)
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
R
Taxonomie
Výuka

Pagination

  • 1
  • Následující stránka
Fylogeografie
  • Czech Czech
  • English English

Proč používat Linux

openSUSE.org

Průvodce Linuxem

KDE - K Desktop Environment

openSUSE GNU/Linux

ORCID iD iconhttps://orcid.org/0000-0003-3481-9367

ResearchID/Publons

GitHub Logo, https://github.com/V-Z

Hlavní RSS kanál a mapa stránek s přehledem kanálů.

Menu uživatelského účtu

  • Přihlásit se

Licence Creative Commons

Dílo dílo, jehož autorem je Vojtěch Zeisek, podléhá licenci Creative Commons Uveďte původ-Neužívejte komerčně-Nezpracovávejte 4.0 Mezinárodní.

Patička

  • Kontakt
  • Soukromí na tomto webu
Powered by Drupal