Fylogenetika

Course of work with molecular data in R 2020 in České Budějovice

Napsal uživatel vojta dne Pá, 03/06/2020 - 22:39

R is nowadays probably the most powerful tool for calculations of all kinds. There are plenty of modules available for work with molecular data. Those will be introduced during the course. The course will be taught from October 19th to Friday 23rd (see below). Details will be updated by the end of September.

The course contains theory of used methods, tutorials with test data, tasks for individual work of participants, and more.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2020

Napsal uživatel vojta dne Po, 10/07/2019 - 16:28

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další.

Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Nutná je alespoň minimální znalost molekulární biologie a vhodná je předchozí znalost alespoň některých metod analýz DNA dat.

Taxonomické principy, reprodukční systémy, populační genetika a vztahy mezi vybranými skupinami rodu Taraxacum (Asteraceae)

Napsal uživatel vojta dne St, 11/21/2018 - 16:55

Rod Taraxacum (pampeliška, hvězdnicovité), mající ∼60 sekcí a 2 druhů, je známý pro své komplikované evoluční vztahy a taxonomii díky procesům jako je častá hybridizace, polyploidizace, nepohlavní rozmnožování, klonalita a nízká strukturální morfologická variabilita. Různé taxonomické koncepty a přístupy jsou v práci představeny, diskutovány a zhodnoceny z pohledu jejich schopnosti poradit si s tak komplikovaným rodem jako je Taraxacum. Různé procesy zodpovědné za tuto komplikovanou situaci v rámci pampelišek jsou diskutovány. Sekce Dioszegia, obsahující p. pozdní (T.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2019

Napsal uživatel vojta dne So, 10/06/2018 - 17:18

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Hunting the treasure of Cape Oxalis diversity

Poster presented at Botany 2018 conference of the Botanical Society of America titled Hunting the treasure of Cape Oxalis diversity (Zeisek, Oberlander, Dreyer, Schmickl, Schneeweiss):

vojta Čt, 08/02/2018 - 14:30

Kurz práce s molekulárními daty v R 2018

Napsal uživatel vojta dne St, 10/04/2017 - 11:00

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Tento ročník je kurz o den rozšířen, prodloužen na 4 dny, a bude ohodnocen 2 kredity.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2017

Napsal uživatel vojta dne Út, 10/11/2016 - 14:38

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Identification of oligoclonal agamospermous microspecies: taxonomic specialists versus microsatellites

Napsal uživatel vojta dne So, 02/20/2016 - 14:50

Jedním z kardinálních problémů současného přírodozpytu je klesající schopnost biologů správně určit rostlin- ný materiál. To zvláště platí pro rody s neobvyklými reprodukčními způsoby, např. koexistencí sexuality a aga- mospermie, kdy jednotlivé taxony jsou si značně podobné. Jednotlivé klonální (oligoklonální) entity v tako- vých skupinách jsou obvykle popisovány jako tzv. drobné druhy (mikrospecie), navzájem rozeznatelné na zá- kladě souboru drobných morfologických rozdílů.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2016

Napsal uživatel vojta dne Čt, 11/26/2015 - 18:35

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Phylogenetic marker development for target enrichment from transcriptome and genome skim data: the pipeline and its application in southern African Oxalis (Oxalidaceae)

Napsal uživatel vojta dne Čt, 11/26/2015 - 17:11

Phylogenetics benefits from using a large number of putatively independent nuclear loci and their combination with other sources of information, such as the plastid and mitochondrial genomes. To facilitate the selection of orthologous low-copy nuclear (LCN) loci for phylogenetics in non-model organisms, we created an automated and interactive script to select hundreds of LCN loci by a comparison between transcriptome and genome skim data. We used our script to obtain LCN genes for southern African Oxalis (Oxalidaceae), a speciose plant lineage in the Greater Cape Floristic Region.