Fylogeografie

STRUCTURE multi PBS Pro scripts

Set of scripts to run STRUCTURE in parallel on computing grids like MetaCentrum. Scripts are designed for grids and clusters using PBS Pro, but can be easily adopted for another queue system.

vojta Čt, 02/25/2021 - 17:24

Kurz práce s molekulárními daty v R 2021

Napsal uživatel vojta dne Út, 10/06/2020 - 17:08

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další.

Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Nutná je alespoň minimální znalost molekulární biologie a vhodná je předchozí znalost alespoň některých metod analýz DNA dat.

Course of work with molecular data in R 2020 in České Budějovice

Napsal uživatel vojta dne Pá, 03/06/2020 - 22:39

R is nowadays probably the most powerful tool for calculations of all kinds. There are plenty of modules available for work with molecular data. Those will be introduced during the course. The course will be taught from October 19th to Friday 23rd (see below). The course will be exclusively on-line, there will be no personal meeting.

Low genetic differentiation despite high fragmentation in the endemic serpentinophyte Minuartia smejkalii (M. verna agg., Caryophyllaceae) revealed by RADSeq SNP markers

Minuartia smejkalii is an obligate serpentinophyte plant endemic to the Czech Republic. Since the 1960s, the species’ habitat has undergone strong human-mediated fragmentation, resulting in extinction of some populations and dramatic size reduction of the remaining populations. Thus, contrary to the typically stable serpentine habitats, M. smejkalii habitats underwent a recent and severe decline, which can exacerbate the effects of fragmentation on population genetic structure. We examined the genetic structure of all known M.

vojta Po, 01/13/2020 - 10:46

Kurz práce s molekulárními daty v R 2020

Napsal uživatel vojta dne Po, 10/07/2019 - 16:28

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další.

Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Nutná je alespoň minimální znalost molekulární biologie a vhodná je předchozí znalost alespoň některých metod analýz DNA dat.

Taxonomické principy, reprodukční systémy, populační genetika a vztahy mezi vybranými skupinami rodu Taraxacum (Asteraceae)

Napsal uživatel vojta dne St, 11/21/2018 - 16:55

Rod Taraxacum (pampeliška, hvězdnicovité), mající ∼60 sekcí a 2 druhů, je známý pro své komplikované evoluční vztahy a taxonomii díky procesům jako je častá hybridizace, polyploidizace, nepohlavní rozmnožování, klonalita a nízká strukturální morfologická variabilita. Různé taxonomické koncepty a přístupy jsou v práci představeny, diskutovány a zhodnoceny z pohledu jejich schopnosti poradit si s tak komplikovaným rodem jako je Taraxacum. Různé procesy zodpovědné za tuto komplikovanou situaci v rámci pampelišek jsou diskutovány. Sekce Dioszegia, obsahující p. pozdní (T.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2019

Napsal uživatel vojta dne So, 10/06/2018 - 17:18

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2018

Napsal uživatel vojta dne St, 10/04/2017 - 11:00

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Tento ročník je kurz o den rozšířen, prodloužen na 4 dny, a bude ohodnocen 2 kredity.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2017

Napsal uživatel vojta dne Út, 10/11/2016 - 14:38

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Kurz práce s molekulárními daty v R 2016

Napsal uživatel vojta dne Čt, 11/26/2015 - 18:35

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.