Přejít k hlavnímu obsahu
Domů
Vojtěch Zeisek

Hlavní navigace

  • Domů
  • Articles
  • Fotogalerie
  • CV
  • Kontakt
Nástroje
  • Hledat
  • Archiv
  • Slovník

Drobečková navigace

  1. Domů

Kurz práce s molekulárními daty v R 2015

Od vojta , 8 Prosinec, 2014

Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C16(odkaz je externí).

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Kurz bude probíhat od 14. do 16. ledna 2015 od 9:00 do cca 17:00 na Katedře botaniky PřF UK v Praze(odkaz je externí) v Krajinově posluchárně (B14, 2. mezipatro na konci chodby; středa a čtvrtek)(odkaz je externí) a v posluchárně OŽP (B12, 1. mezipatro na konci chodby napravo; pátek)(odkaz je externí).

K dispozici je prezentace a data z proběhlého kurzu.

Přehled témat

  • Základy práce v R -- jak se zadávají příkazy, instalují balíčky, čte se nápověda, typy proměnných, indexy apod.
  • Práce s Bioconductorem
  • Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů.
  • Mikrosatelity, AFLP, SNP, sekvence
  • Stažení sekvencí z databáze
  • Extrakce SNP ze sekvenačních dat
  • Extrakce polymorfismu ze sekvencí
  • Tvorba distančních matic, import vlastních matic
  • Manipulace s daty, konverze mezi formáty
  • Základní statistika, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika
  • Export obrázků
  • Fylogenetické stromy (NJ, UPGMA, parsimonie), jejich zobrazení a testování
  • PCoA
  • MSN
  • DAPC
  • Práce s celogenomovými SNP daty
  • Prostorové analýzy -- Mantel test, Moran's I, Monmonier, sPCA
  • Základy tvorby map
  • Ovládání Structure
  • Alignment
  • Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů
  • Phylogenetic independent contrast
  • Phylogenetic autocorrelation
  • Phylogenetic PCA
  • Ancestral state reconstruction

Použité balíčky: Geneland, PBSmapping, ParallelStructure, RandomFields, RgoogleMaps, TeachingDemos, XML, ade4, adegenet, adephylo, akima, ape, colorspace, combinat, corrplot, fields, gplots, grid, ips, lattice, mapdata, mapproj, maps, maptools, muscle, pegas, permute, phangorn, phyloch, phytools, poppr, rworldmap, seqinr, sp, spam, tcltk, vegan.

Kurz bude probíhat anglicky.

Na kurz potřebujete

  • Funkční připojení k Wi-Fi. Buď Eduroam(odkaz je externí) nebo můžete v přihlášce požádat o dočasné jméno a heslo.
  • Nainstalované R(odkaz je externí). Doporučuji nainstalovat i grafické rozhraní RStudio(odkaz je externí), RKWard(odkaz je externí), R commander(odkaz je externí) nebo jiné podobné dle vlastního výběru.

V případě jakýchkoliv dotazů, žádostí nebo připomínek se ptejte! Níže v komentáři, mailem, apod.

Články
Fylogenetika
Fylogeografie
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
R
Taxonomie
Věda, výzkum, biologie
Výuka
  • Přidat komentář
  • Czech Czech
  • English English

Proč používat Linux(odkaz je externí)

openSUSE.org(odkaz je externí)

Průvodce Linuxem(odkaz je externí)

KDE - K Desktop Environment(odkaz je externí)

openSUSE GNU/Linux(odkaz je externí)

ORCID iD iconhttps://orcid.org/0000-0003-3481-9367(odkaz je externí)

ResearchID/Publons(odkaz je externí)

GitHub Logo, https://github.com/V-Z(odkaz je externí)

Hlavní RSS kanál a mapa stránek s přehledem kanálů.

Menu uživatelského účtu

  • Přihlásit se

Licence Creative Commons(odkaz je externí)

Dílo dílo, jehož autorem je Vojtěch Zeisek, podléhá licenci Creative Commons Uveďte původ-Neužívejte komerčně-Nezpracovávejte 4.0 Mezinárodní(odkaz je externí).

Patička

  • Kontakt
  • Soukromí na tomto webu
Powered by Drupal(odkaz je externí)