Blog o vědě (biologii), Linuxu (a jeho využití ve vědě, ...) a dalším software, škole, skautingu (zvláště pak o ekologické výchově), a fotogalerie. A občas i něco navíc.

Phylogenetic marker development for target enrichment from transcriptome and genome skim data: the pipeline and its application in southern African Oxalis (Oxalidaceae)

Phylogenetics benefits from using a large number of putatively independent nuclear loci and their combination with other sources of information, such as the plastid and mitochondrial genomes. To facilitate the selection of orthologous low-copy nuclear (LCN) loci for phylogenetics in non-model organisms, we created an automated and interactive script to select hundreds of LCN loci by a comparison between transcriptome and genome skim data. We used our script to obtain LCN genes for southern African Oxalis (Oxalidaceae), a speciose plant lineage in the Greater Cape Floristic Region.

Mallomonas alpestrina sp. nov. (Synurales, Chrysophyceae, Stramenopiles) and its spineless relatives—Mallomonas alata group

In this paper, we define the Mallomonas alata group and describe M. alpestrina sp. nov. from an oligotrophic high mountain glacial lake on the slopes of Haba Xue Shan (Haba Snow Mountain), China. The Mallomonas alata group is excluded from the M. pumilio group primarily based on the approximately triangular shape of the collar scales, the small hook-like protruded dome, and one considerably broader anterior flange of the body scale. We extend previous research on small species from the section Torquatae with reticulated scale-shield pattern.

Vědci proti strachu a lhostejnosti

Články: 

Jsme vědci a vědkyně, akademici a akademičky, výzkumní pracovníci, studenti a studentky vědeckých oborů, lidé, jejichž základní schopností i hodnotou by mělo být kritické myšlení, schopnost nazírat problémy nezaujatě, pracovat s informacemi, rozeznat fakta od hypotéz a nedopouštět se manipulací. Jsme znepokojeni prudkým nárůstem xenofobních nálad ve společnosti a aktivitou extremistických skupin, které nemají dostatečnou protiváhu. Radikalizace společnosti skrze strach je podle nás jedno z největších nebezpečí, které nám v souvislosti s imigrační krizí hrozí.

Mikrosatelitová variabilita, pohlavní rozmnožování a taxonomie Taraxacum sect. Dioszegia: vztahy na velké prostorové škále

Tagy: 

Taraxacum serotinumSoužití agamospermie a pohlavního rozmnožování je charakteristické pro většinu z asi 60 sekcí pampelišek (rod Taraxacum). Sekce Dioszegia, obsahující p. pozdní (T. serotinum, vyskytuje se od jižní Moravy přes jižní a východní Evropu, Malou Asii a Írán až po Afghánistán) a příbuzné druhy představuje výjimečnou sekci, protože pro její členy bylo doposud známo pouze pohlavní rozmnožování. Na základě analýzy mikrosatelitových (SSRs) markerů, rozšíření a morfologie jsme řešili otázky týkající se způsobu rozmnožování, vztahů mezi populacemi, taxonomie a genetické variability v rámci populací, a to za pomoci vzorků sesbíraných od jižní Francie po jižní část evropského Ruska a Írán.

PF 2015

Články: 

Pour féliciter 2015!

Kurz práce s molekulárními daty v R 2015

Tagy: 

Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C16.

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Kurz bude probíhat od 14. do 16. ledna 2015 od 9:00 do cca 17:00 na Katedře botaniky PřF UK v Praze v Krajinově posluchárně (B14, 2. mezipatro na konci chodby; středa a čtvrtek) a v posluchárně OŽP (B12, 1. mezipatro na konci chodby napravo; pátek).

K dispozici je prezentace a data z proběhlého kurzu.

Kurz práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum 2015

Tagy: 

Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C17.

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Mac OS X, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Základní znalost Linuxu není nutná. Kurz bude probíhat v Linuxu, ale většina věcí funguje stejně i na Mac OS X a dalších UNIXech. Kurz bude probíhat 26. a 27. ledna 2015 od 9:00 do cca 17:00 na Katedře botaniky PřF UK v Praze v praktiku OŽP (B13, 1. mezipatro, na konci chodby nalevo).

K dispozici je prezentace a data z proběhlého kurzu.

Structure, R and Linux

Tagy: 

Structure is very popular software for revealing population structure. Here I describe easy workflow how to run independent runs of Structure in parallel to speed up whole process using statistical software R and how to facilitate use of CLUMPP and distruct with easy BASH scripts. Of course, we work on Linux (although another UNIX systems like Mac OS X will be very similar).

Stránky

Přihlásit se k odběru Vojtěch Zeisek RSS Přihlásit se k odběru Vojtěch Zeisek - All comments