Kurz práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum 2016

Napsal uživatel vojta dne Čt, 11/26/2015 - 18:25

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Mac OS X, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Základní znalost Linuxu není nutná. Kurz bude probíhat v Linuxu, ale většina věcí funguje stejně na Mac OS X a dalších UNIXech. Znalosti práce v Linuxu/UNIXu se hodí např. při zpracování molekulárních a jiných dat. MetaCentrum je služba CESNETu poskytující přístup k obrovské výpočetní kapacitě. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Tagy
Czech

Phylogenetic marker development for target enrichment from transcriptome and genome skim data: the pipeline and its application in southern African Oxalis (Oxalidaceae)

Napsal uživatel vojta dne Čt, 11/26/2015 - 17:11

Phylogenetics benefits from using a large number of putatively independent nuclear loci and their combination with other sources of information, such as the plastid and mitochondrial genomes. To facilitate the selection of orthologous low-copy nuclear (LCN) loci for phylogenetics in non-model organisms, we created an automated and interactive script to select hundreds of LCN loci by a comparison between transcriptome and genome skim data. We used our script to obtain LCN genes for southern African Oxalis (Oxalidaceae), a speciose plant lineage in the Greater Cape Floristic Region.

Nespecifikováno

Mallomonas alpestrina sp. nov. (Synurales, Chrysophyceae, Stramenopiles) and its spineless relatives—Mallomonas alata group

Napsal uživatel vojta dne Po, 08/24/2015 - 16:02

In this paper, we define the Mallomonas alata group and describe M. alpestrina sp. nov. from an oligotrophic high mountain glacial lake on the slopes of Haba Xue Shan (Haba Snow Mountain), China. The Mallomonas alata group is excluded from the M. pumilio group primarily based on the approximately triangular shape of the collar scales, the small hook-like protruded dome, and one considerably broader anterior flange of the body scale. We extend previous research on small species from the section Torquatae with reticulated scale-shield pattern.

Nespecifikováno

Vědci proti strachu a lhostejnosti

Napsal uživatel vojta dne Čt, 08/20/2015 - 15:37

Jsme vědci a vědkyně, akademici a akademičky, výzkumní pracovníci, studenti a studentky vědeckých oborů, lidé, jejichž základní schopností i hodnotou by mělo být kritické myšlení, schopnost nazírat problémy nezaujatě, pracovat s informacemi, rozeznat fakta od hypotéz a nedopouštět se manipulací. Jsme znepokojeni prudkým nárůstem xenofobních nálad ve společnosti a aktivitou extremistických skupin, které nemají dostatečnou protiváhu. Radikalizace společnosti skrze strach je podle nás jedno z největších nebezpečí, které nám v souvislosti s imigrační krizí hrozí.

Články
Czech

Mikrosatelitová variabilita, pohlavní rozmnožování a taxonomie Taraxacum sect. Dioszegia: vztahy na velké prostorové škále

Napsal uživatel vojta dne Po, 04/13/2015 - 14:42

Taraxacum serotinumSoužití agamospermie a pohlavního rozmnožování je charakteristické pro většinu z asi 60 sekcí pampelišek (rod Taraxacum). Sekce Dioszegia, obsahující p. pozdní (T. serotinum, vyskytuje se od jižní Moravy přes jižní a východní Evropu, Malou Asii a Írán až po Afghánistán) a příbuzné druhy představuje výjimečnou sekci, protože pro její členy bylo doposud známo pouze pohlavní rozmnožování.

Tagy
Czech

Structure, R and Linux

Napsal uživatel vojta dne St, 10/08/2014 - 16:20

Structure is very popular software for revealing population structure. Here I describe easy workflow how to run independent runs of Structure in parallel to speed up whole process using statistical software R and how to facilitate use of CLUMPP and distruct with easy BASH scripts.

Tagy
Nespecifikováno

Arlequin and R under Linux

Napsal uživatel vojta dne Út, 07/01/2014 - 12:42

Arlequin is very popular tool for population genetics and in recent version (3.5) it has version running on Linux (arlecore, only computational core without GUI) as well as possibility to parse output using R statistical language. Those two features are described only briefly in official manual. I faced some issues when running Arlequin on Linux and parsing output using R. I'm describing here my solutions in case someone else would hava similar needs and problems.

Tagy
Nespecifikováno