R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.
Kurz proběhne v Krajinově posluchárně, Benátská 2, 2. mezipatro, 25.-27. 1. 2016 od 9:00 do 18:00 (s pauzou na oběd:-). Kurz je rozvrhnutý a lze si jej zapsat v SISu
Další kurz v Českých Budějovicích: Ve dnech 17.-19. února 2016 od 9:00 do cca 17:00 proběhne kurz na Přírodovědecké fakultě Jihočeské univerzity. Detaily podá stech
prf [dot] jcu [dot] cz (Milan Štech). Zájemce prosím o vyplnění krátkého dotazníku.
Přehled témat a orientační program (může být upraven podle požadavků účastníků):
- 1. den, dopoledne
- Základy práce v R - jak se zadávají příkazy, instalují balíčky, čte se nápověda, typy proměnných, indexy apod.
- Práce s Bioconductorem
- Tento blok není povinný pro účastníky, kteří již mají znalost R. Je však doporučený - opakování je matka moudrosti. :-)
- 1. den, odpoledne
- Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů.
- Stažení sekvencí z databáze
- Extrakce SNP ze sekvenačních dat
- Extrakce polymorfismu ze sekvencí
- Mikrosatelity, AFLP, SNP, sekvence
- Manipulace s daty, konverze mezi formáty
- Tvorba distančních matic, import vlastních matic
- PCoA
- Fylogenetické stromy (NJ, UPGMA, parsimonie), jejich zobrazení a testování
- MSN
- Základní statistika, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika
- Export obrázků
- 2. den
- DAPC
- Práce s celogenomovými SNP daty
- Prostorové analýzy - Mantel test, Moran’s I, Monmonier, sPCA
- Základy tvorby map
- Ovládání Structure
- Alignment
- Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů
- 3. den
- Phylogenetic independent contrast
- Phylogenetic autocorrelation
- Phylogenetic PCA
- Ancestral state reconstruction
- A další...
Použité balíčky: PBSmapping, ParallelStructure, RandomFields, RgoogleMaps, TeachingDemos, XML, ade4, adegenet, adephylo, akima, ape, colorspace, combinat, corrplot, fields, gplots, grid, ips, lattice, mapdata, mapproj, maps, maptools, muscle, pegas, ermute, phangorn, phyloch, phytools, poppr, rworldmap, seqinr, sp, spam, tcltk, vegan.
Na kurz potřebujete
- Nebát se R. :-)
- Funkční připojení k Wi-Fi. Buď Eduroam nebo můžete v přihlášce požádat o dočasné jméno a heslo.
- Nainstalované R. Doporučuji nainstalovat i grafické rozhraní RStudio, RKWard, R commander nebo jiné podobné dle vlastního výběru.
Změny oproti minulému roku (na základě zpětné vazby od účastníků)
- Aktualizace s ohledem na nové verze balíčků
- Více teorie týkající se základů statistických metod
- Více metod rekonstrukce evoluce, mapování znaků na strom, testování evolučního signálu
- Řada drobných vylepšení
V případě jakýchkoliv dotazů, žádostí nebo připomínek se ptejte! Níže v komentáři, mailem, apod.
