Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C16.
R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Kurz bude probíhat od 14. do 16. ledna 2015 od 9:00 do cca 17:00 na Katedře botaniky PřF UK v Praze v Krajinově posluchárně (B14, 2. mezipatro na konci chodby; středa a čtvrtek) a v posluchárně OŽP (B12, 1. mezipatro na konci chodby napravo; pátek).
K dispozici je prezentace a data z proběhlého kurzu.
Přehled témat
- Základy práce v R -- jak se zadávají příkazy, instalují balíčky, čte se nápověda, typy proměnných, indexy apod.
- Práce s Bioconductorem
- Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů.
- Mikrosatelity, AFLP, SNP, sekvence
- Stažení sekvencí z databáze
- Extrakce SNP ze sekvenačních dat
- Extrakce polymorfismu ze sekvencí
- Tvorba distančních matic, import vlastních matic
- Manipulace s daty, konverze mezi formáty
- Základní statistika, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika
- Export obrázků
- Fylogenetické stromy (NJ, UPGMA, parsimonie), jejich zobrazení a testování
- PCoA
- MSN
- DAPC
- Práce s celogenomovými SNP daty
- Prostorové analýzy -- Mantel test, Moran's I, Monmonier, sPCA
- Základy tvorby map
- Ovládání Structure
- Alignment
- Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů
- Phylogenetic independent contrast
- Phylogenetic autocorrelation
- Phylogenetic PCA
- Ancestral state reconstruction
Použité balíčky: Geneland, PBSmapping, ParallelStructure, RandomFields, RgoogleMaps, TeachingDemos, XML, ade4, adegenet, adephylo, akima, ape, colorspace, combinat, corrplot, fields, gplots, grid, ips, lattice, mapdata, mapproj, maps, maptools, muscle, pegas, permute, phangorn, phyloch, phytools, poppr, rworldmap, seqinr, sp, spam, tcltk, vegan.
Kurz bude probíhat anglicky.
Na kurz potřebujete
- Funkční připojení k Wi-Fi. Buď Eduroam nebo můžete v přihlášce požádat o dočasné jméno a heslo.
- Nainstalované R. Doporučuji nainstalovat i grafické rozhraní RStudio, RKWard, R commander nebo jiné podobné dle vlastního výběru.
V případě jakýchkoliv dotazů, žádostí nebo připomínek se ptejte! Níže v komentáři, mailem, apod.