Přejít k hlavnímu obsahu
Domů
Vojtěch Zeisek

Hlavní navigace

  • Domů
  • Articles
  • Fotogalerie
  • CV
  • Kontakt
Nástroje
  • Hledat
  • Archiv
  • Slovník

Drobečková navigace

  1. Domů

Kurz práce s molekulárními daty v R 2022

Od vojta , 11 Listopad, 2021

R(odkaz je externí) je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Nutná je alespoň minimální znalost molekulární biologie a vhodná je předchozí znalost alespoň některých metod analýz DNA dat. Kurz je vhodný spíše pro magisterské a doktorské studenty, pro bakalářské jen jsou-li velmi pokročilí.

Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Kurz poběží turnusově 5 dnů, přičemž 4 dny poběží výuka a poslední den bude na zápočty a individuální konzultace. Tento poslední den účastníci mohou (což je vřele doporučeno), ale nemusí využít.

Podrobnosti budou průběžně aktualizované v SISu(odkaz je externí). Rozvrh je v SISu(odkaz je externí). Kurz proběhne v posluchárně OŽP B12 (1. mezipatro(odkaz je externí), Benátská 2(odkaz je externí), Praha 2) od 31. ledna do 4. února 2022 od 9:00 do 16-17:00 (s dostatkem přestávek). Zájemce o kurz prosím o vyplnění krátkého dotazníku(odkaz je externí), který mi pomůže s přípravou kurzu a komunikací s účastníky.

Kurz bude sestávat z kratších přednášek následovaných individuální prací studentů a prostorem pro otázky, konzultace apod.

Podle aktuální epidemiologické situace je možné, že kurz bude v hybridním módu (ne jen plně prezenčně) nebo plně on-line. Podrobnosti budou průběžně aktualizovány podle vývoje situace před kurzem.

Sylabus

Přehled témat (může být upraven podle požadavků účastníků, rychlosti apod.):

  • Základy práce v R – jak se zadávají příkazy, instalují balíčky, čte se nápověda, typy proměnných, indexy apod.
  • Práce s Bioconductorem
  • Načítaní a exportování molekulárních dat různých typů a formátů.
  • Stažení sekvencí z databáze
  • Extrakce SNP ze sekvenačních dat
  • Extrakce polymorfismu ze sekvencí
  • Mikrosatelity, AFLP, SNP, sekvence, …
  • Alignment
  • Manipulace s daty, konverze mezi formáty
  • Tvorba distančních matic, import vlastních matic
  • Export dat
  • Základní statistiky
  • PCoA
  • Fylogenetické stromy (NJ, UPGMA, parsimonie), jejich zobrazení a testování
  • MSN
  • Základní statistika, genetické indexy, heterozygosita, HWE, F-statistika
  • Práce s celogenomovými SNP daty
  • DAPC
  • Prostorové analýzy – Mantel test, Moran’s I, Monmonier, sPCA, …
  • Základy tvorby map
  • Manipulace se stromy, zpracování většího množství stromů
  • Phylogenetic independent contrast
  • Phylogenetic autocorrelation
  • Phylogenetic PCA
  • Ancestral state reconstruction
  • Další rozšiřující témata…
Příloha Velikost
r_mol_data_phylogen_6.pdf (12.89 MB) 12.89 MB
Články
Fylogenetika
Fylogeografie
Linux (a jiný software)
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
R
Taxonomie
Výuka
  • Přidat komentář
  • Czech Czech
  • English English

Proč používat Linux(odkaz je externí)

openSUSE.org(odkaz je externí)

Průvodce Linuxem(odkaz je externí)

KDE - K Desktop Environment(odkaz je externí)

openSUSE GNU/Linux(odkaz je externí)

ORCID iD iconhttps://orcid.org/0000-0003-3481-9367(odkaz je externí)

ResearchID/Publons(odkaz je externí)

GitHub Logo, https://github.com/V-Z(odkaz je externí)

Hlavní RSS kanál a mapa stránek s přehledem kanálů.

Menu uživatelského účtu

  • Přihlásit se

Licence Creative Commons(odkaz je externí)

Dílo dílo, jehož autorem je Vojtěch Zeisek, podléhá licenci Creative Commons Uveďte původ-Neužívejte komerčně-Nezpracovávejte 4.0 Mezinárodní(odkaz je externí).

Patička

  • Kontakt
  • Soukromí na tomto webu
Powered by Drupal(odkaz je externí)