Identification of oligoclonal agamospermous microspecies: taxonomic specialists versus microsatellites

Napsal uživatel vojta dne So, 02/20/2016 - 14:50

Jedním z kardinálních problémů současného přírodozpytu je klesající schopnost biologů správně určit rostlin- ný materiál. To zvláště platí pro rody s neobvyklými reprodukčními způsoby, např. koexistencí sexuality a aga- mospermie, kdy jednotlivé taxony jsou si značně podobné. Jednotlivé klonální (oligoklonální) entity v tako- vých skupinách jsou obvykle popisovány jako tzv. drobné druhy (mikrospecie), navzájem rozeznatelné na zá- kladě souboru drobných morfologických rozdílů.

PF 2016

Napsal uživatel vojta dne Čt, 01/14/2016 - 09:00

Pour féliciter 2016!

Pohodový výhled ať už jste kdekoliv...

Nice view whenever You are...

Belle vue n'importe où vous êtes...

Pour féliciter 2016 ~ La Grace

La Grace.

Články

Kurz práce s molekulárními daty v R 2016

Napsal uživatel vojta dne Čt, 11/26/2015 - 18:35

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Kurz práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum 2016

Napsal uživatel vojta dne Čt, 11/26/2015 - 18:25

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Mac OS X, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Základní znalost Linuxu není nutná. Kurz bude probíhat v Linuxu, ale většina věcí funguje stejně na Mac OS X a dalších UNIXech. Znalosti práce v Linuxu/UNIXu se hodí např. při zpracování molekulárních a jiných dat. MetaCentrum je služba CESNETu poskytující přístup k obrovské výpočetní kapacitě. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Phylogenetic marker development for target enrichment from transcriptome and genome skim data: the pipeline and its application in southern African Oxalis (Oxalidaceae)

Napsal uživatel vojta dne Čt, 11/26/2015 - 17:11

Phylogenetics benefits from using a large number of putatively independent nuclear loci and their combination with other sources of information, such as the plastid and mitochondrial genomes. To facilitate the selection of orthologous low-copy nuclear (LCN) loci for phylogenetics in non-model organisms, we created an automated and interactive script to select hundreds of LCN loci by a comparison between transcriptome and genome skim data. We used our script to obtain LCN genes for southern African Oxalis (Oxalidaceae), a speciose plant lineage in the Greater Cape Floristic Region.

Mallomonas alpestrina sp. nov. (Synurales, Chrysophyceae, Stramenopiles) and its spineless relatives—Mallomonas alata group

Napsal uživatel vojta dne Po, 08/24/2015 - 16:02

In this paper, we define the Mallomonas alata group and describe M. alpestrina sp. nov. from an oligotrophic high mountain glacial lake on the slopes of Haba Xue Shan (Haba Snow Mountain), China. The Mallomonas alata group is excluded from the M. pumilio group primarily based on the approximately triangular shape of the collar scales, the small hook-like protruded dome, and one considerably broader anterior flange of the body scale. We extend previous research on small species from the section Torquatae with reticulated scale-shield pattern.