Non-coding repetitive DNA (repeatome) is an active part of the nuclear genome, involved in its structure, evolution and function. It is dominated by transposable elements (TEs) and satellite DNA and is prone to the most rapid changes over time. The TEs activity presumably causes the global genome reorganization and may play an adaptive or regulatory role in response to environmental challenges.

Although whole-genome duplication (WGD) is an important speciation force, we still lack a consensus on the role of niche differentiation in polyploid evolution. In addition, the role of genome doubling per se vs. later divergence on polyploid niche evolution remains obscure. One reason for this might be that the intraspecific genetic structure of polyploid complexes and interploidy gene flow is often neglected in ecological studies. Here, we aim to investigate to which extent these evolutionary processes impact our inference on niche differentiation of autopolyploids.

Praktický kurz fylogenomických metod se zaměřením na NGS metodu Hyb-Seq. Metoda Hyb-Seq kombinuje cílené obohacení a tzv. mělké sekvenování genomu. V rámci kurzu budou probrány základy i nejnovějších poznatky v oblasti Hyb-Seq (návrh sond, laboratorní postup, analýza dat). Součástí kurzu je i práce s daty a jejich praktické analýzy různými přístupy, od primárních dat po konstrukci evolučních stromů koalescenčními a dalšími metodami. V laboratorní části kurzu budou připravovány a obohacovány NGS knihovny s využitím sonikátoru.

For my courses ofwork in Linux command line not only for MetaCentrum and with molecular data in R I provide VirtualBox image, which allows to run complete desktop Linux (in this case openSUSE Leap) with all preinstalled applications needed for both courses. It's easy way how to get fully working Linux to play with. It requires at least bit powerful notebook, e.g. at least quad-core with at least 8 GB RAM, but more is better.

R je v současnosti asi nejmocnější a nejpoužívanější nástroj na výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Jejich reprezentativní výběr je náplní kurzu.

Kurz obsahuje teorii použitých metod, tutoriály s použitím testovacích dat, úlohy pro samostatnou práci účastníků, a další. Cílem je naučit studenty analýzu molekulárních dat v programovacím jazyce R, představit dostupné balíčky pro jejich analýzu a praktické vyzkoušení si analýz vlastních nebo poskytnutých dat.

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj umožňující efektivně zpracovat i velká data a zautomatizovat činnosti. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Apple macOS, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Kurz je vhodný pro úplné začátečníky i mírně pokročilé. Jediným vstupním požadavkem je zájem (nebo potřeba) pracovat v příkazové řádce, typicky na linuxovém výpočetním serveru.

On the basis of new gatherings at the type locality, Taraxacum primigenium was evaluated taxonomically. Its achenes differ substantially from the protologue description that is based on achenes of T. assemanii. Taraxacum primigenium, also on the basis of an nrDNA analysis, is close to T. sect. Piesis, and represents a narrow endemic confined to the Lalezar Mts., SE Iran. Taraxacum assemanii, newly typified, is known from mountains of SE Anatolia and Lebanon, and from the Zagros in SW Iran.

Custom probe design for target enrichment in phylogenetics is tedious and often hinders broader phylogenetic synthesis. The universal angiosperm probe set Angiosperms353 may be the solution. Here, we test the relative performance of Angiosperms353 on the Rosaceae subtribe Malinae in comparison with custom probes that we specifically designed for this clade. We then address the impact of bioinformatically altering the performance of Angiosperms353 by replacing the original probe sequences with orthologs extracted from the Malus domestica genome.

Taraxacum mirabile Wagenitz (Asteraceae, Cichorieae, Crepidinae), a remarkable but taxonomically unexplored endemic species of Central Anatolia, is examined in detail. It is shown to be a sexually reproducing diploid (2n=16) species. It used to be included in Taraxacum sect. Orientalia in the literature. However, the nrDNA analysis revealed that T. mirabile is remote from that section.

Set of scripts to run STRUCTURE in parallel on computing grids like MetaCentrum. Scripts are designed for grids and clusters using PBS Pro, but can be easily adopted for another queue system.