Phylogenetics benefits from using a large number of putatively independent nuclear loci and their combination with other sources of information, such as the plastid and mitochondrial genomes. To facilitate the selection of orthologous low-copy nuclear (LCN) loci for phylogenetics in non-model organisms, we created an automated and interactive script to select hundreds of LCN loci by a comparison between transcriptome and genome skim data. We used our script to obtain LCN genes for southern African Oxalis (Oxalidaceae), a speciose plant lineage in the Greater Cape Floristic Region.
Věda, výzkum, biologie
In this paper, we define the Mallomonas alata group and describe M. alpestrina sp. nov. from an oligotrophic high mountain glacial lake on the slopes of Haba Xue Shan (Haba Snow Mountain), China. The Mallomonas alata group is excluded from the M. pumilio group primarily based on the approximately triangular shape of the collar scales, the small hook-like protruded dome, and one considerably broader anterior flange of the body scale. We extend previous research on small species from the section Torquatae with reticulated scale-shield pattern.
Soužití agamospermie a pohlavního rozmnožování je charakteristické pro většinu z asi 60 sekcí pampelišek (rod Taraxacum). Sekce Dioszegia, obsahující p. pozdní (T. serotinum, vyskytuje se od jižní Moravy přes jižní a východní Evropu, Malou Asii a Írán až po Afghánistán) a příbuzné druhy představuje výjimečnou sekci, protože pro její členy bylo doposud známo pouze pohlavní rozmnožování.
Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C16.
Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C17.
Arlequin is very popular tool for population genetics and in recent version (3.5) it has version running on Linux (arlecore
, only computational core without GUI) as well as possibility to parse output using R statistical language. Those two features are described only briefly in official manual. I faced some issues when running Arlequin on Linux and parsing output using R. I'm describing here my solutions in case someone else would hava similar needs and problems.
Severní Andy jsou prostorem nebetyčných hor vytvářejících izolovaná údolí a ostrovní vrcholky a tak není divu, že to je jedna z přírodovědně nejbohatších a nejhodnotnějších oblastí na světě. Hory jsou navíc oproti pralesům jen velmi málo probádané a tak tam o zajímavé nálezy není nouze. Expedice do And jsou obtížné, ale rozhodně stojí za to. Na pár kilometrech můžete vystoupat z vlhkých pralesů až do ledovcové pustiny. A nelze zapomínat ani na zajímavé místní kultury, které neprávem stojí trochu ve stínu tamní přírody a kultur předkolumbovského Peru.
Prezentace z přednášky Střípky z flóry severních And o tom, co všechno v těch horách roste pro Českou botanickou společnost 2. dubna 2012. Bez popisu to jsou jen slajdy s hezkými obrázky, ale možná se to někomu bude líbit a/nebo hodit. :-)
Na podzim 2010 jsem s pomocí Fulbrightova stipendia vyrazil do USA do Missouri Botanical Garden v Saint Louis, Missouri, USA. Níže je pár poznámek k tomu, jak vlastně vidím Ameriku, zemi, o které se u nás povídá spousta věcí. Od nekritického obdivu po zatracování. Jak už to tak bývá, tak jednoduché to není.