Věda, výzkum, biologie

Arlequin is very popular tool for population genetics and in recent version (3.5) it has version running on Linux (arlecore, only computational core without GUI) as well as possibility to parse output using R statistical language. Those two features are described only briefly in official manual. I faced some issues when running Arlequin on Linux and parsing output using R. I'm describing here my solutions in case someone else would hava similar needs and problems.

Severní Andy jsou prostorem nebetyčných hor vytvářejících izolovaná údolí a ostrovní vrcholky a tak není divu, že to je jedna z přírodovědně nejbohatších a nejhodnotnějších oblastí na světě. Hory jsou navíc oproti pralesům jen velmi málo probádané a tak tam o zajímavé nálezy není nouze. Expedice do And jsou obtížné, ale rozhodně stojí za to. Na pár kilometrech můžete vystoupat z vlhkých pralesů až do ledovcové pustiny. A nelze zapomínat ani na zajímavé místní kultury, které neprávem stojí trochu ve stínu tamní přírody a kultur předkolumbovského Peru.

Prezentace z přednášky Střípky z flóry severních And o tom, co všechno v těch horách roste pro Českou botanickou společnost 2. dubna 2012. Bez popisu to jsou jen slajdy s hezkými obrázky, ale možná se to někomu bude líbit a/nebo hodit. :-)

Na podzim 2010 jsem s pomocí Fulbrightova stipendia vyrazil do USA do Missouri Botanical Garden v Saint Louis, Missouri, USA. Níže je pár poznámek k tomu, jak vlastně vidím Ameriku, zemi, o které se u nás povídá spousta věcí. Od nekritického obdivu po zatracování. Jak už to tak bývá, tak jednoduché to není.

Můj americký kolega mě požádal, zdali bych mu nenasbíral evropské zástupce čeledi Valerianaceae (řád Dipsacales), jde hlavně o rody Valeriana (ten je nejdůležitější), Belonanthus, Centranthus, Phyllactis, Valerianella a další. Pokud na svých cestách nějakého zástupce čeledi potkáte, seberte mi jej, prosím.

Prezentace z přednášky o mé diplomové práci, fylogeografii stulíku žlutého v ČR a fylogeografii dalších vodních rostlin pro Českou botanickou společnost.

V září 2009 jsem na Katedře botaniky PřF UK obhájil diplomovou práci na téma Fylogeografie a šíření stulíku žlutého (Nuphar lutea).

Tady jsou příklady ze Základů biostatistiky prof. Herbena, které jsem (vy)řešil v R. Kromě posledního příkladu jsem si tím celkem jist (pro něj bych uvítal nějakou dobrou radu:-). Původně jsem měl tendenci napsat i obecný návod (základy práce v R), ale nějak jsem se k tomu nedokopal... Krom toho už se to snad bere na přednášce.

Před časem mě Marek Stopka s Robertem Krátkým požádali o sepsání článku, který by nastiňoval možnosti využití Linuxu v biologii. Nemůžu se považovat za velkého odborníka, neboť nepotřebuji velké množství speciálního software, ale pro základní orientaci a představu o možnostech svobodného software na poli vědy to snad stačí.

Zde je pár historek a odkazů na fotoalba z různých příležitostí během mého pobytu na projektu Erasmus na Vrije Universiteit Brussel v laboratoři Algemene Plantkunde en Natuurbeheer (APNA, Plant Biology and Nature management) v Bruselu (wiki) během letního semestru 2007 / 2008.