R

Jedním z kardinálních problémů současného přírodozpytu je klesající schopnost biologů správně určit rostlin- ný materiál. To zvláště platí pro rody s neobvyklými reprodukčními způsoby, např. koexistencí sexuality a aga- mospermie, kdy jednotlivé taxony jsou si značně podobné. Jednotlivé klonální (oligoklonální) entity v tako- vých skupinách jsou obvykle popisovány jako tzv. drobné druhy (mikrospecie), navzájem rozeznatelné na zá- kladě souboru drobných morfologických rozdílů.

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C16.

Structure is very popular software for revealing population structure. Here I describe easy workflow how to run independent runs of Structure in parallel to speed up whole process using statistical software R and how to facilitate use of CLUMPP and distruct with easy BASH scripts.

Arlequin is very popular tool for population genetics and in recent version (3.5) it has version running on Linux (arlecore, only computational core without GUI) as well as possibility to parse output using R statistical language. Those two features are described only briefly in official manual. I faced some issues when running Arlequin on Linux and parsing output using R. I'm describing here my solutions in case someone else would hava similar needs and problems.

Tady jsou příklady ze Základů biostatistiky prof. Herbena, které jsem (vy)řešil v R. Kromě posledního příkladu jsem si tím celkem jist (pro něj bych uvítal nějakou dobrou radu:-). Původně jsem měl tendenci napsat i obecný návod (základy práce v R), ale nějak jsem se k tomu nedokopal... Krom toho už se to snad bere na přednášce.

OpenOffice.org je rozšířený kancelářský balík, který statně konkuruje MS Office. Relativně málo lidí však ví, že si jeho funkcionalitu může rozšířit pomocí tzv. doplňků. V libovolném programu ze sady OpenOffice vstupte do menu Nástroje a vyberte položku Správce rozšíření. Objeví se okno Správce rozšíření, pomocí kterého můžete vaše doplnky spravovat. Tlačítkem Přidat přidáte doplněk, který jste si již před tím uložili do počítače (v podobě např.

Před časem mě Marek Stopka s Robertem Krátkým požádali o sepsání článku, který by nastiňoval možnosti využití Linuxu v biologii. Nemůžu se považovat za velkého odborníka, neboť nepotřebuji velké množství speciálního software, ale pro základní orientaci a představu o možnostech svobodného software na poli vědy to snad stačí.