Linux (a jiný software)

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Mac OS X, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Základní znalost Linuxu není nutná. Kurz bude probíhat v Linuxu, ale většina věcí funguje stejně na Mac OS X a dalších UNIXech. Znalosti práce v Linuxu/UNIXu se hodí např. při zpracování molekulárních a jiných dat. MetaCentrum je služba CESNETu poskytující přístup k obrovské výpočetní kapacitě. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Phylogenetics benefits from using a large number of putatively independent nuclear loci and their combination with other sources of information, such as the plastid and mitochondrial genomes. To facilitate the selection of orthologous low-copy nuclear (LCN) loci for phylogenetics in non-model organisms, we created an automated and interactive script to select hundreds of LCN loci by a comparison between transcriptome and genome skim data. We used our script to obtain LCN genes for southern African Oxalis (Oxalidaceae), a speciose plant lineage in the Greater Cape Floristic Region.

Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C17.

Structure is very popular software for revealing population structure. Here I describe easy workflow how to run independent runs of Structure in parallel to speed up whole process using statistical software R and how to facilitate use of CLUMPP and distruct with easy BASH scripts.

Arlequin is very popular tool for population genetics and in recent version (3.5) it has version running on Linux (arlecore, only computational core without GUI) as well as possibility to parse output using R statistical language. Those two features are described only briefly in official manual. I faced some issues when running Arlequin on Linux and parsing output using R. I'm describing here my solutions in case someone else would hava similar needs and problems.

Hodně lidí používá GMail (a naše fakulta dokonce přechází na Google Apps for Education) a zároveň je pro ně z různých důvodů pohodlnější používat Thunderbird (nebo jiné tzv. tlusté klienty - KMail, Evolution, Apple Mail, Outlook, ...). Ať už kvůli lepšímu zobrazení zpráv, různým doplňkům, potřebě mít maily stály u sebe, práci s více účty nebo prostě jen ze zvyku. Níže popíši nastavení svého Thunderbirdu tak, aby dobře spolupracoval se službami Google.

Pro Android existují minimálně desetitisíce aplikací a každou chvíli přibývají nové. Kdo se v tom má vyznat? Jak si vybrat tu pravou? Níže je seznam aplikací, které používám a mohu doporučit. Záleží na tom, co člověk potřebuje a co od aplikací vyžaduje. Samozřejmě lze vždy hledat na Marketu a fórech...

Znáte to. Když už musí linuxák pracovat na počítači s Windows (protože v okolí nic normálního není), nebo jste někde na cestách, ve veřejné knihovně, nějaké učebně... a potřebujete něco udělat na počítači. Ale ouha. Jediný dostupný počítač prakticky neobsahuje pořádný software a o bezpečnosti jeho prohlížeče by se dalo pochybovat... Co teď? Řešením může být PortableApps: USB flash disk s vlastními aplikacemi.

Oracle VirtualBox je velmi populární, jednoduchý a efektivní virtualizátor. Můžete tak mít spuštěn svůj oblíbený operační systém (Linux, samozřejmě;-) a v rámci něho vám poběží libovolný jiný operační systém. Ideální na testování všeho druhu nebo když potřebujete spustit nějakou aplikace, ktrerá ve vašem oblíbeném systému prostě neběží. Virtualizačních nástrojů je celá řada, já v následujícím textu stručně popíši instalaci Oracle VirtualBoxu 3.2 na openSUSE 11.3. Na ostatních (Linuxových) systémech to bude velmi podobné.

Aktualizovaný seznam mých článků souvisejících s Linuxem, které vyšly povětšinou na LinuxEXPRESu, méně i na jinách webech.