Structure is very popular software for revealing population structure. Here I describe easy workflow how to run independent runs of Structure in parallel to speed up whole process using statistical software R and how to facilitate use of CLUMPP and distruct with easy BASH scripts.
Arlequin is very popular tool for population genetics and in recent version (3.5) it has version running on Linux (arlecore, only computational core without GUI) as well as possibility to parse output using R statistical language. Those two features are described only briefly in official manual. I faced some issues when running Arlequin on Linux and parsing output using R. I'm describing here my solutions in case someone else would hava similar needs and problems.
Prezentace z přednášky o mé diplomové práci, fylogeografii stulíku žlutého v ČR a fylogeografii dalších vodních rostlin pro Českou botanickou společnost.
Ve dnech 1. - 3. 5. jsem se v Lucemburku zúčastnil konference Plant Population Biology for the coming decade (21th Annual Conference of the Plant Population Biology Section of the Ecological Society of Germany, Switzerland and Austria (GfÖ), Organized by the Department of Population Biology, Musée national d'histoire naturelle). Představil tam svůj poster o genetické struktuře populací stulíku žlutého v České republice. Jde o předběžné částečné výsledky mé diplomové práce.
Ve své odborné činnosti se věnuji molekulární fylogeografii vodních rostlin: poznání historie, mechanismů a logiky jejich šíření a rozšíření. Jaká je populační dynamika na krajinné a vyšší úrovni? Pohybuji se po velkých časoprostorových škálách (holocén Evropy). Jaký je vliv klimatických změn, člověka a ekologie rostlin a šíření a rozšíření vodních rostlin?
