Prezentace o citačním software v rámci bakalářského projektu bakalářského studia biologie. Prezentace částečně vychází ze starší prezentace na stejné téma od Michala Vinklera.
Přírodovědecká fakulta UK
R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.
Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Mac OS X, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Základní znalost Linuxu není nutná. Kurz bude probíhat v Linuxu, ale většina věcí funguje stejně na Mac OS X a dalších UNIXech. Znalosti práce v Linuxu/UNIXu se hodí např. při zpracování molekulárních a jiných dat. MetaCentrum je služba CESNETu poskytující přístup k obrovské výpočetní kapacitě. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.
Phylogenetics benefits from using a large number of putatively independent nuclear loci and their combination with other sources of information, such as the plastid and mitochondrial genomes. To facilitate the selection of orthologous low-copy nuclear (LCN) loci for phylogenetics in non-model organisms, we created an automated and interactive script to select hundreds of LCN loci by a comparison between transcriptome and genome skim data. We used our script to obtain LCN genes for southern African Oxalis (Oxalidaceae), a speciose plant lineage in the Greater Cape Floristic Region.
Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C16.
Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C17.
Arlequin is very popular tool for population genetics and in recent version (3.5) it has version running on Linux (arlecore
, only computational core without GUI) as well as possibility to parse output using R statistical language. Those two features are described only briefly in official manual. I faced some issues when running Arlequin on Linux and parsing output using R. I'm describing here my solutions in case someone else would hava similar needs and problems.
Severní Andy jsou prostorem nebetyčných hor vytvářejících izolovaná údolí a ostrovní vrcholky a tak není divu, že to je jedna z přírodovědně nejbohatších a nejhodnotnějších oblastí na světě. Hory jsou navíc oproti pralesům jen velmi málo probádané a tak tam o zajímavé nálezy není nouze. Expedice do And jsou obtížné, ale rozhodně stojí za to. Na pár kilometrech můžete vystoupat z vlhkých pralesů až do ledovcové pustiny. A nelze zapomínat ani na zajímavé místní kultury, které neprávem stojí trochu ve stínu tamní přírody a kultur předkolumbovského Peru.
Prezentace z přednášky Střípky z flóry severních And o tom, co všechno v těch horách roste pro Českou botanickou společnost 2. dubna 2012. Bez popisu to jsou jen slajdy s hezkými obrázky, ale možná se to někomu bude líbit a/nebo hodit. :-)
Hodně lidí používá GMail (a naše fakulta dokonce přechází na Google Apps for Education) a zároveň je pro ně z různých důvodů pohodlnější používat Thunderbird (nebo jiné tzv. tlusté klienty - KMail, Evolution, Apple Mail, Outlook, ...). Ať už kvůli lepšímu zobrazení zpráv, různým doplňkům, potřebě mít maily stály u sebe, práci s více účty nebo prostě jen ze zvyku. Níže popíši nastavení svého Thunderbirdu tak, aby dobře spolupracoval se službami Google.