Věda, výzkum, biologie

Set of scripts to run STRUCTURE in parallel on computing grids like MetaCentrum. Scripts are designed for grids and clusters using PBS Pro, but can be easily adopted for another queue system.

Parallel evolution provides powerful natural experiments for studying repeatability of evolution and genomic basis of adaptation. Well-documented examples from plants are, however, still rare, as are inquiries of mechanisms driving convergence in some traits while divergence in others. Arabidopsis arenosa, a predominantly foothill species with scattered morphologically distinct alpine occurrences is a promising candidate. Yet, the hypothesis of parallelism remained untested.

Minuartia smejkalii is an obligate serpentinophyte plant endemic to the Czech Republic. Since the 1960s, the species’ habitat has undergone strong human-mediated fragmentation, resulting in extinction of some populations and dramatic size reduction of the remaining populations. Thus, contrary to the typically stable serpentine habitats, M. smejkalii habitats underwent a recent and severe decline, which can exacerbate the effects of fragmentation on population genetic structure. We examined the genetic structure of all known M.

Intensive 4-days (5^th day is not compulsory, but is open for any discussion, if there would be interest) course to learn all theory about HybSeq and practically learn how to analyze HybSeq data, how to solve all problems, and how to evaluate differences among gene trees. Important part is enough time to discuss everything, including practical problems and projects of individual participants.

Taraxacum koksaghyz Rodin, a dandelion from the steppes of south-eastern Kazakhstan, has been known for long time as potential rubber producer, as a temperate region alternative to the tropical rubber tree Hevea brasiliensis Müll. Arg.. In this work, we evaluate Taraxacum bicorne Dahlst. (wild populations), a closely related congener of T. koksaghyz.

Rod Taraxacum (pampeliška, hvězdnicovité), mající ∼60 sekcí a 2 druhů, je známý pro své komplikované evoluční vztahy a taxonomii díky procesům jako je častá hybridizace, polyploidizace, nepohlavní rozmnožování, klonalita a nízká strukturální morfologická variabilita. Různé taxonomické koncepty a přístupy jsou v práci představeny, diskutovány a zhodnoceny z pohledu jejich schopnosti poradit si s tak komplikovaným rodem jako je Taraxacum. Různé procesy zodpovědné za tuto komplikovanou situaci v rámci pampelišek jsou diskutovány. Sekce Dioszegia, obsahující p. pozdní (T.

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Apple osX, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Základní znalost Linuxu není nutná. Kurz bude probíhat v Linuxu, ale většina věcí funguje stejně na osX a dalších UNIXech. Znalosti práce v Linuxu/UNIXu se hodí např. při zpracování molekulárních a jiných dat. MetaCentrum je služba CESNETu poskytující přístup k obrovské výpočetní kapacitě. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Poster presented at Botany 2018 conference of the Botanical Society of America titled Hunting the treasure of Cape Oxalis diversity (Zeisek, Oberlander, Dreyer, Schmickl, Schneeweiss):

Diploid populations of Valeriana officinalis L. (Valerianaceae) in Central Europe exhibit an extensive variation, with two conspicuous morphotypes. One, corresponding to the lectotype of V. officinalis, is larger, with broader, distinctly dentate leaflets, the other is in many respects similar to V. pratensis Dierb. and V. stolonifera ­Czern., but is glabrous, with narrow, usually entire leaflets. The two forms also differ in their ecological optimum and in geographical distribution, but are linked with numerous intermediates.