Přejít k hlavnímu obsahu
Domů
Vojtěch Zeisek

Hlavní navigace

  • Domů
  • Articles
  • Fotogalerie
  • CV
  • Kontakt
Nástroje
  • Hledat
  • Archiv
  • Slovník

Drobečková navigace

  1. Domů

Věda, výzkum, biologie

Od vojta , 26 Listopad, 2015

Kurz práce s molekulárními daty v R 2016

R je v současnosti asi nejmocnější nástroj na statistické výpočty všeho druhu. Je k dispozici i celá řada modulů pro práci s molekulárními daty. Ty budou náplní kurzu. Předchozí znalost R je výhodou, nikoli však podmínkou. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Články
Fylogenetika
Fylogeografie
Linux (a jiný software)
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
R
Taxonomie
Věda, výzkum, biologie
Výuka
Od vojta , 26 Listopad, 2015

Kurz práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum 2016

Nebojte se příkazové řádky Linuxu! Je to mocný a přívětivý nástroj. Prakticky shodně funguje příkazová řádka i v Mac OS X, BSD a dalších UNIXových systémech, nejen v Linuxu. Základní znalost Linuxu není nutná. Kurz bude probíhat v Linuxu, ale většina věcí funguje stejně na Mac OS X a dalších UNIXech. Znalosti práce v Linuxu/UNIXu se hodí např. při zpracování molekulárních a jiných dat. MetaCentrum je služba CESNETu poskytující přístup k obrovské výpočetní kapacitě. Bude-li se kurzu účastnit alespoň jeden člověk nemluvící česky, kurz bude anglicky.

Články
Linux (a jiný software)
openSUSE
Přírodovědecká fakulta UK
Věda, výzkum, biologie
Výuka
Od vojta , 26 Listopad, 2015

Phylogenetic marker development for target enrichment from transcriptome and genome skim data: the pipeline and its application in southern African Oxalis (Oxalidaceae)

Phylogenetics benefits from using a large number of putatively independent nuclear loci and their combination with other sources of information, such as the plastid and mitochondrial genomes. To facilitate the selection of orthologous low-copy nuclear (LCN) loci for phylogenetics in non-model organisms, we created an automated and interactive script to select hundreds of LCN loci by a comparison between transcriptome and genome skim data. We used our script to obtain LCN genes for southern African Oxalis (Oxalidaceae), a speciose plant lineage in the Greater Cape Floristic Region.

Články
Bioinformatika
Fylogenetika
HybSeq
Linux (a jiný software)
Oxalis
Přírodovědecká fakulta UK
Taxonomie
Věda, výzkum, biologie
Od vojta , 24 Srpen, 2015

Mallomonas alpestrina sp. nov. (Synurales, Chrysophyceae, Stramenopiles) and its spineless relatives—Mallomonas alata group

In this paper, we define the Mallomonas alata group and describe M. alpestrina sp. nov. from an oligotrophic high mountain glacial lake on the slopes of Haba Xue Shan (Haba Snow Mountain), China. The Mallomonas alata group is excluded from the M. pumilio group primarily based on the approximately triangular shape of the collar scales, the small hook-like protruded dome, and one considerably broader anterior flange of the body scale. We extend previous research on small species from the section Torquatae with reticulated scale-shield pattern.

Články
Taxonomie
Věda, výzkum, biologie
Od vojta , 13 Duben, 2015

Mikrosatelitová variabilita, pohlavní rozmnožování a taxonomie Taraxacum sect. Dioszegia: vztahy na velké prostorové škále

Taraxacum serotinumSoužití agamospermie a pohlavního rozmnožování je charakteristické pro většinu z asi 60 sekcí pampelišek (rod Taraxacum). Sekce Dioszegia, obsahující p. pozdní (T. serotinum, vyskytuje se od jižní Moravy přes jižní a východní Evropu, Malou Asii a Írán až po Afghánistán) a příbuzné druhy představuje výjimečnou sekci, protože pro její členy bylo doposud známo pouze pohlavní rozmnožování.

Články
Botanický ústav AV
Fylogenetika
Fylogeografie
Populační genetika
Taraxacum
Taxonomie
Věda, výzkum, biologie
Od vojta , 8 Prosinec, 2014

Kurz práce s molekulárními daty v R 2015

Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C16(odkaz je externí).

Články
Fylogenetika
Fylogeografie
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
R
Taxonomie
Věda, výzkum, biologie
Výuka
Od vojta , 8 Prosinec, 2014

Kurz práce v příkazové řádce Linuxu nejen pro MetaCentrum 2015

Od akademického roku 2015/16 je kurz v SISu jako MB120C17(odkaz je externí).

Články
Linux (a jiný software)
openSUSE
Přírodovědecká fakulta UK
Věda, výzkum, biologie
Výuka
Od vojta , 8 Říjen, 2014

Structure, R and Linux

Structure(odkaz je externí) is very popular software for revealing population structure. Here I describe easy workflow how to run independent runs of Structure in parallel to speed up whole process using statistical software R(odkaz je externí) and how to facilitate use of CLUMPP(odkaz je externí) and distruct(odkaz je externí) with easy BASH scripts.

Články
Linux (a jiný software)
Populační genetika
R
Věda, výzkum, biologie
Od vojta , 1 Červenec, 2014

Arlequin and R under Linux

Arlequin(odkaz je externí) is very popular tool for population genetics and in recent version (3.5) it has version running on Linux (arlecore, only computational core without GUI) as well as possibility to parse output using R statistical language(odkaz je externí). Those two features are described only briefly in official manual. I faced some issues when running Arlequin on Linux and parsing output using R. I'm describing here my solutions in case someone else would hava similar needs and problems.

Články
Linux (a jiný software)
Populační genetika
Přírodovědecká fakulta UK
R
Věda, výzkum, biologie
Od vojta , 11 Duben, 2014

Pozvánka na promítání o severních Andách 22. 4. 2014

Severní Andy jsou prostorem nebetyčných hor vytvářejících izolovaná údolí a ostrovní vrcholky a tak není divu, že to je jedna z přírodovědně nejbohatších a nejhodnotnějších oblastí na světě. Hory jsou navíc oproti pralesům jen velmi málo probádané a tak tam o zajímavé nálezy není nouze. Expedice do And jsou obtížné, ale rozhodně stojí za to. Na pár kilometrech můžete vystoupat z vlhkých pralesů až do ledovcové pustiny. A nelze zapomínat ani na zajímavé místní kultury, které neprávem stojí trochu ve stínu tamní přírody a kultur předkolumbovského Peru.

Články
Andy
Cesty
Ostatní
Přírodovědecká fakulta UK
Věda, výzkum, biologie

Pagination

  • Předchozí stránka
  • 4
  • Následující stránka
Věda, výzkum, biologie
  • Czech Czech
  • English English

Proč používat Linux(odkaz je externí)

openSUSE.org(odkaz je externí)

Průvodce Linuxem(odkaz je externí)

KDE - K Desktop Environment(odkaz je externí)

openSUSE GNU/Linux(odkaz je externí)

ORCID iD iconhttps://orcid.org/0000-0003-3481-9367(odkaz je externí)

ResearchID/Publons(odkaz je externí)

GitHub Logo, https://github.com/V-Z(odkaz je externí)

Hlavní RSS kanál a mapa stránek s přehledem kanálů.

Menu uživatelského účtu

  • Přihlásit se

Licence Creative Commons(odkaz je externí)

Dílo dílo, jehož autorem je Vojtěch Zeisek, podléhá licenci Creative Commons Uveďte původ-Neužívejte komerčně-Nezpracovávejte 4.0 Mezinárodní(odkaz je externí).

Patička

  • Kontakt
  • Soukromí na tomto webu
Powered by Drupal(odkaz je externí)